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第1話【狠下心來】，今天開始是忍術學園的新學期。捨不得和爸爸媽媽分別的亂太郎，決定忍住眼淚，帶著笑容從家裡出發。爸爸和媽媽，本來也打算用開朗的心情，送亂太郎去學校，然而……

第2話【爸爸和新兵衛的心情】，亂太郎、霧丸、新兵衛閒聊著假期間發生的事情。新兵衛在家時，教妹妹龜子手裏劍的發射方式。但是新兵衛的手裏劍，卻一直沒辦法射中目標。而看見這幕的新兵衛爸爸，開始煩惱新兵衛是不是沒有成為忍者的資質。

第3話【霧丸去學校】，亂太郎、霧丸、新兵衛三人一起去學校。然而在快到學校時，霧丸突然說不想去。亂太郎和新兵衛一問之下，才知道昨天霧丸被土井老師罵了。

第4話【小松田先生的面試】，小松田先生被某個城的忍者挖掘了！對方邀請他去面試，讓小松田先生很開心。為了成為心中嚮往的忍者，他和亂太郎、霧丸、新兵衛一起練習面試。

第5話【味噌湯與平瀧夜叉丸】，亂太郎、霧丸、新兵衛在食堂吃午餐，此時平瀧夜叉丸學長出現了。然而，本來想喝味噌湯的平瀧夜叉丸學長，卻突然沒辦法喝了。究竟是發生了什麼事呢？

第6話【晴耕雨讀】，今天忍術學園正下著雨。亂太郎、霧丸、新兵衛滿腦子都在想放晴後要去做什麼，庄左衛門和伊助則和他們不同，靜靜地讀著書。實踐著「晴耕雨讀」的精神。

第7話【憧憬的三反田數馬】，亂太郎、霧丸、新兵衛在後山賽跑時，遇到了三年級的三反田數馬學長。平常總是在意自己沒什麼存在感的三反田學長，想要增加自己的存在感。

第8話【新兵衛與忍犬喜姆】，新兵衛去送信給金樂寺的和尚。亂太郎和霧丸也因為有事情，難得讓新兵衛自己一個人去辦事情。擔心的喜姆，便偷偷跟在新兵衛後面。

第9話【女忍者的外出】，女忍者班的小雪、友美、阿繁久違地外出。但無法決定要去吃好吃的東西，還是去購物，又或者是去花田悠哉放鬆，她們因此起了爭執。而亂太郎、霧丸、新兵衛碰巧經過…

第10話【傳子小姐和半子小姐】，上完課回到房間的土井老師，見到山田傳子小姐擺著一張恐怖的表情在煩惱。原來是山田老師因為想不到太太生日要買什麼禮物。所以試圖以女性的角度思考，看看能不能想到好主意。

第11話【牧之介與小骨】，亂太郎他們和善法寺伊作學長一起去摘藥草。在那裡遇見了花房牧之介。牧之介利用了保健委員照顧病患的精神，打算就此在醫護室住下來，然而…

第12話【能勢久作的危機】，能勢久作學長是圖書委員，個性相當一絲不苟。那一天他也為了提醒新兵衛記得還書，而唸了新兵衛一頓。然而，久作學長卻遇到了一個意料之外的危機。

第13話【珍藏的盒子】，女忍者教室的友美，正獨自煩惱著。沒想到，友美弄壞了小雪珍藏的小盒子。要是被小雪發現小盒子壞掉的話，小雪一定會大發雷霆的。友美因此難得地向亂太郎、霧丸、新兵衛求救…

第14話【神秘的排隊隊伍】，亂太郎、霧丸、新兵衛三人終於來到了大排長龍的烏龍麵店。雖然想馬上開始排隊，但不知道為什麼烏龍麵店的店員，卻用會等非常久的理由，想要將三人給打發走。

第15話【多到有剩的體力】，體育委員會的時友四郎兵衛學長，總是被七松小平太學長多到有剩的體力給牽著走，讓他感到苦惱。七松學長知道這件事之後，開始自我反省。他想著「只能讓我的體力不要多到有剩了」。

第16話【土井老師輸了？】，黃昏時忍者隊的諸泉尊奈門，來到了忍術學園。每次挑戰土井老師都輸掉的他，宣示這次一定要贏過土井老師。儘管連事務員小松田也說那是絕對不可能的…

第17話【信賴關係】，四年級的濱守一郎學長，帶著小型加農砲百合子出現了。原來是室友田村三木衛門學長，拜託他帶百合子去散步。亂太郎他們說，田村學長願意拜託濱守一郎學長幫忙帶百合子散步，代表田村學長很信賴他。

第18話【麻婆豆腐定食】，本日的食堂菜單，是麻婆豆腐定食，還有關東煮定食。但是麻婆豆腐定食只剩下一份了。此時，最喜歡豆腐的久久知兵助學長，以及不喜歡魚漿製品的土井老師，來到食堂吃午餐了。

第19話【頭髮柔順飄逸的學長】，亂太郎、霧丸、新兵衛在收拾上課時使用的用具。但因為新兵衛跌倒了，焙烙火矢散落一地。此時出現一位頭髮柔順飄逸的學長，將焙烙火矢撿了起來。

第20話【霧丸找銅錢】，霧丸不小心弄掉了銅錢。他和亂太郎、新兵衛一起追著掉落的銅錢跑的時候，不小心進入了毒竹忍者的領地！此時，有一群毒竹忍者出現了⋯⋯

第21話【弟弟第四協榮丸】，亂太郎、霧丸、新兵衛來到了兵庫水軍的領海。然而，出現在三人身邊的第三協榮丸，卻感覺有些奇怪。明明應該不會游泳的他，卻自在地游泳。本來不敢吃的魚，也津津有味地吃著。

第22話【劍豪的瞪眼比賽】，劍豪的瞪眼遊戲比賽即將開始。金吾知道這件事後，馬上就前往參觀。會場內能看到真毛野押美和宮本臭藏等，許多的劍豪都聚集在此，進行著瞪眼的對決。

第23話【雪鬼和雨鬼的自尊】，雪鬼正在搭訕路人，詢問對方是否願意成為毒竹忍者。然而，很不巧地問到了一個忍者。那位忍者反而問雪鬼要不要去他的城。

第24話【新兵衛是最高分】，新兵衛在算數考試獲得了一年丙班的最高分？讓改考卷的土井老師和山田老師都大吃一驚。亂太郎和霧丸也嚇到了，為什麼新兵衛會是最高分呢，他們開始尋找原因。新兵衛到底發生了什麼事？

第25話【危險的捷徑？】，想要抄捷徑的亂太郎、霧丸、新兵衛，經過了一間廢棄的房子。亂太郎發現有個疑似忍者的男人，從那間房子裡面出入。他很在意，於是馬上開始進行調查，然而⋯⋯

第26話【決鬥的約定】，感情不好的死對頭潮江文次郎學長和食滿留三郎學長，約好了要進行決鬥。但是在決鬥前一天，食滿學長感冒了。此時，風魔流忍術學校的錫高野與四郎來到了忍術學園⋯

第27話【緊張與不安】，保健室的值日生亂太郎和伏木藏在醫務室裡面。因為沒有任何事情要做，正閒得發慌。伏木藏為了打發時間，便開始談論起緊張與不安的話題。

第28話【貴族的媽媽】，某天，亂太郎在河邊睡午覺時，看到的媽媽。但是媽媽卻穿著貴族般的衣服！原來是媽媽為了執行忍者的工作，要去調查某個貴族，於是變裝成了貴族的模樣。

第29話【像中在家學長那樣…】，中在家長次學長是圖書委員會值得信賴的委員長。然而，如此可靠的中在家學長，卻因為實習的緣故暫時不在學校。在他不在的這段期間，由不破雷藏學長擔任代理委員長。不破雷藏學長因為不確定自己能不能勝任代理委員長的工作，而煩惱著。

第30話【找出亂塗鴉的犯人！】，作法委員會的模型，上面被亂塗鴉了。發現此事的立花仙藏學長很震驚，思考著究竟是誰會做這種事情⋯⋯此時兵太夫出現了，說自己會找出犯人。

第31話【深夜的職員會議】，學園長又突發奇想了。在深夜召開了職員會議。亂太郎他們因為好奇，而偷偷跑去看，在那裡看到了很多老師聚集在一起⋯⋯

第32話【不擅長打掃】，虎若和團藏的壁櫥裡面堆滿了垃圾。原來是因為兩人都不擅長打掃，所以累積了很多垃圾在裡面。而發現這件事的亂太郎他們，找來了擅長打掃的伊助，幫忙他們打掃房間。

第33話【克服路痴作戰】，三年級的富松作兵衛學長，很擔心路痴的神崎左門學長以及次屋三之助學長。經過百般思考後，富松學長決定執行幫兩人克服路痴的作戰計劃⋯⋯

第34話【生物委員的心】，毒蛇純子不見了！生物委員會的一年級生們，在發現之後慌張地四處尋找純子。純子是伊賀崎孫兵學長重要的寵物。要是被伊賀崎學長發現純子不見了，他一定會大發雷霆。

第35話【手裏劍的去向】，用具委員會的忍蛋們在保養用具。然而，不管數幾次，手裏劍的數量都有少。考量到也許是某人忘記還了，新兵衛開始尋找手裏劍的去向。

第36話【傳七、左吉和花房牧之介】，在跑腿回程路上，一年甲班的傳七和左吉，遇到了花房牧之介。傳七、左吉聽說過，亂太郎他們遇到牧之介都沒什麼好事，但卻還是去招惹牧之介了⋯⋯

第37話【作業和蛞蝓】，喜三太在做作業時，寵物蛞蝓爬上了桌子。喜三太因為在意桌上的蛞蝓們，遲遲無法認真寫作業。決定離開自己的房間，到其他地方去寫作業。

第38話【想做就做得到】，毒竹忍者教室的威澀鬼，被魔界之老師說「威澀鬼是個只要想做就做得到的學生」。聽到這句話非常開心的威澀鬼，甚至拒絕了其他毒蛋們的邀約，開始認真學習⋯⋯

第39話【六年級生的打工失敗？】，霧丸和六年級的潮江文次郎學長、七松小平太學長、中在家長次學長，要一起去做送貨的打工。然而要運送的米，卻比原本說好的數量多了好幾袋。懷疑事有蹊蹺的學長們⋯⋯

第40話【掉落陷阱禁止令】，學園長在散步途中，掉進了綾部喜八郎學長挖的掉落陷阱！憤怒的學園長，禁止綾部學長再挖洞做陷阱。還要求亂太郎、霧丸、新兵衛，看著綾部學長⋯⋯

第41話【守護高價的壺】，今天喜姆不在，學園長室裡面只有學園長一個人。學園長立刻拿出高價的壺，想要盡情地欣賞。然而在這個時候，出現了讓學園長出乎意料的危機？

第42話【被抓的小松田兄弟】，霧丸和小松田先生，一起去小松田先生老家開的扇子店。霧丸本來是要去那裡打工，沒想到抵達的時候，卻發現店裡亂七八糟的！原來是毒竹忍者擄走了小松田先生的哥哥優作。

第43話【山田老師忘記的東西】，山田老師難得要回家。卻忘了把食堂阿姨為他準備的，伴手禮萩餅帶走。食堂阿姨便拜託亂太郎、霧丸、新兵衛，幫忙把萩餅送去給山田老師。

第44話【一大早的打工】，霧丸一大早就前往攤販的洗碗打工。然而霧丸一到現場，卻發現二年級的池田三郎次學長和川西左近學長已經在那裡打工了，被搶了工作的霧丸，本來想再找其他的打工⋯⋯

第45話【一年乙班的運動】，斜堂老師被校醫新野老師建議，應該多去太陽光下運動。於是他決定和一年乙班的忍蛋們，一同為了健康去運動。然而，一年乙班的忍蛋們，因為太陽光過於強烈⋯⋯

第46話【沒想到的預知夢】，某天晚上，亂太郎做了一個惡夢。而且那惡夢竟然還是預知夢！面對沮喪的亂太郎，新兵衛建議他多想一些快樂的事情，就不會做惡夢了。亂太郎努力想著快樂事情，竟然夢到考試考了一百分。

第47話【成為繪畫模特兒】，女忍者教室的小雪、友美、阿繁，正在做素描的作業。雖然拜託了亂太郎、霧丸、新兵衛當她們的模特兒，但他們三個一直擺不出讓小雪她們滿意的姿勢。正當霧丸因為覺得麻煩，已經完全喪失幹勁的時候⋯⋯

第48話【澀鬼的家庭教師】，船長達魔鬼來到了毒竹忍者教室。原來是他很在意他的兒子澀鬼，所以來偷看他們上課。希望澀鬼能成為精英的達魔鬼。開始思考要不要幫他請一個家庭教師。

第49話【再見了食堂阿姨】，下課後，亂太郎、霧丸、新兵衛吃著食堂阿姨做的飯。然而，平常阿姨做的料理總是很好吃，但今天吃起來卻一點也不美味。亂太郎他們擔心食堂阿姨是不是發生了什麼事。

第50話【不可靠的班長】，一年甲班的彥四郎，被說是不可靠的班長。在班上不受同學信賴的彥四郎，獨自煩惱著該如何才好⋯⋯此時五年級的尾濱勘右衛門學長出現了。

第51話【苦無的基本功】，北石照代在執行忍者工作時，被不認識的忍者說，她沒有掌握苦無的基本功。受到衝擊的北石來到了忍術學園，找山本品老師商量。

第52話【照星的特別指導】，虎若和四年級的田村三木衛門學長，將一起接受照星的火繩槍特別指導。能夠接受照星的指導，讓虎若感到非常開心。然而，不知道為什麼照星一直在指導田村學長，卻不指導虎若。

第53話【團藏的手寫信】，某一天，團藏正在練習寫字。運輸馬隊的清八來到了忍術學園。清八似乎是受團藏的父親飛藏所託，來看看團藏的狀況如何。

第54話【室友的秘密】，用具委員會的預算不足，六年級的食滿留三郎學長正為此煩惱著。他的室友善法寺伊作學長，決定替總是幫他的食滿學長想想辦法。善法寺學長便跑去找負責管理各委員會預算的，潮江文次郎學長商量。

第55話【浦風藤內去跑腿】，三年級的浦風藤內學長，最喜歡預習了。學園長拜託他去跑腿，把一封信送到金樂寺。於是他馬上開始進行把信送過去的預習。

第56話【心中嚮往的海上男兒】，二年甲班的池田三郎次學長，來到了兵庫水軍的領海。擅長游泳的三郎次學長，希望在兵庫水軍的舳丸和重的指導下，他能夠游得更好。

第57話【可靠的新兵衛】，新兵衛的妹妹龜子，和爸爸一起前往忍術學園。然而在龜子稍不注意的時候，爸爸就不見了。慌張的龜子尋找爸爸時，看見了剛好在附近玩耍的新兵衛。

第58話【四年級生頂上決戰！前篇】，四年級的前輩們，要去實習了。然而，缺乏團結力的四年級生們，一直起爭執而遲遲無法決定實習的隊長。此時，六年級的學長出現了，告訴他們可以用比賽來決定隊長。

第59話【四年級生頂上決戰！後篇】，賭上隊長的位置，四年級的學長們開始比賽。像是比誰更能成功施展忍術，或是比賽攀登懸崖等，分三個關卡相互競爭彼此的實力。究竟四年級生的隊長，會是誰呢？

第60話【嚴禁想太多】，逢魔時忍者潛入了忍術學園！六年級的立花仙藏學長和食滿留三郎學長馬上就發現，並抓住貝原太郎。然而與此同時，學園內的焙烙火矢也在逐漸減少中……

第61話【時友學長的打坐】，亂太郎、霧丸、新兵衛三人，幫學園長送信到金樂寺的。正好在同個時候，二年丙班的時友四郎兵衛學長也來到了金樂寺，正一個人安靜地打坐。

第62話【抓住手指】，下課後，一年丙班的忍蛋們正在說要玩鬼抓人。然而，他們各自有教室或澡堂的打掃值日生要做，所以不能一起玩了。沒有值日生工作的亂太郎、霧丸、新兵衛，想要幫忙大家的打掃工作……

第63話【拔天坊破產】，亂太郎遇到了牡丹和利梵，聽他們說了父親拔天坊可能會破產的事情。拔天坊似乎是中了某個陷阱。亂太郎他們便開始調查發生了什麼事情。

第64話【羽丹羽登場】，亂太郎他們來到了拔天坊交給土來分院保管的領地。在那裡遇到一位陌生的少年，向亂太郎他們搭話。他的名字叫做羽丹羽石人，是來調查土來分院的。

第65話【本奉行的真實身分】，亂太郎他們和學長們及羽丹羽一起繼續調查，終於查到了本奉行的真實身份。拔天坊的事件背後，隱藏著某座城的陰謀？

第66話【教育熱誠】，一年甲班的忍蛋們在厚著老師的熱血指導下，感到非常疲倦。在下一堂安藤老師的課時，他們開始打瞌睡。生氣的安藤老師，便和厚著老師起了爭執。

第67話【你追我跑】，亂太郎、霧丸、新兵衛在玩你追我跑。然而腳程快的亂太郎總是很快就逃走，讓霧丸和新兵衛都覺得很沒意思。三人最後就吵了起來。

第68話【絕對要保密】，毒竹的稗田八方齋在秘密地靜養。發現此事的城主，很在意他需要靜養的原因，便想去找八方齋⋯⋯但毒竹忍者卻和他說八方齋謝絕會面。

第69話【燒焦的密書】，龍王丸來到了忍術學園，看見學園長持有古老的密書。雖然亂太郎說那本密書要送去給金樂寺⋯⋯

第70話【不想說再見】，這學期已經結束，忍術學園從今天開始放假。土井老師和亂太郎、霧丸、新兵衛，要一起踏上回家的路。在要和亂太郎、新兵衛分開時，霧丸向土井老師說希望土井老師可以自己先回去，他自己會晚點跟上。

第71話【新學期的喜悅】，新學期，學園長和喜姆，在校門口微笑迎接來上學的忍蛋們。此時亂太郎、霧丸、新兵衛也到學校了，他們三人想趕快去見，很久沒見的一年丙班同學們。

第72話【庄左衛門的家人】，庄左衛門的爺爺和弟弟庄二郎，來一年丙班旁聽了。爺爺本來只想目送庄左衛門離開，但卻一直難以道別，就這樣一路跟到了忍術學園門口。

第73話【金吾回老家】，一年丙班的金吾很擅長劍術。然而在休假完的第一堂課，戶部老師說他比之前退步了。金吾休假回到老家時，雖然有進行劍術的修行……。

第74話【爸爸做的便當】，亂太郎的爸爸做了便當。想要送去給執行忍者工作的老婆。吃了老公做的便當後，媽媽開心地說「很好吃」。然而，爸爸卻開始擔心自己做的便當，是否真的好吃呢……。

第75話【羽丹羽入學】，二年級的時友四郎兵衛學長，來到了校門口。迎接今天開始要進入忍術學園，成為忍蛋的羽丹羽石人。時友學長帶羽丹羽去學園長室……。