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【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第1話【新黑暗勢力】由於科學小飛俠的努力，惡魔黨被消滅了，世界迎來了短暫的和平。然而，由辛格萊爵士率領的邪惡組織「辛格萊家族」，以征服世界為目標展開了行動。他們以壓倒性的武力蹂躙著世界。科學小飛俠留下能量即將耗盡的大明，駕駛新鳳凰號出擊……。

【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第2話【旋風斯巴達登場】由於鐵甲獸的攻擊，新鳳凰號遭到破壞。辛格萊爵士與宇宙魔王聯手，辛格萊家族變成了惡魔黨。另一方面，科學小飛俠被國際科學技術廳的金主任所救，並安置在新的科學小飛俠基地。

【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第3話【被污染的綠洲】以驚人速度擴大勢力的惡魔黨，佔領了荒地村莊的綠洲，做為侵略阿古里卡大陸的據點。科學小飛俠在村長的幫助下，設法潛入並成功奪回村莊。接下來小飛俠們原本計劃爆破綠洲，但因為是村民的生活用水來源，於是改為奪回綠洲行動。

【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第4話【鐵人突擊隊的挑戰】惡魔黨佔領了獨立國家帕隆島，並將其做為前線基地。科學小飛俠前往奪回該島，卻因國民淪為人質，科學小飛俠無法接近島嶼。為了不被敵人發現，鐵雄獨自一人潛入島嶼，卻被惡魔黨的特殊部隊鐵人突擊隊發現，並將他從懸崖推落海中。

【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第5話【突擊!頑皮戰士】惡魔黨展開猛烈攻勢，戰火蔓延到了世界各地。此時，科學小飛俠護送著搭載救援物資的國際紅十字會貨船，前往難民聚集的港口小鎮卡納爾。然而，鐵甲獸突然從海中現身，摧毀了物資船。隨後，難民們被惡魔黨抓走，成為了軍需工廠的奴隸