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【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第1話【無名主宰的反擊】由於科學小飛俠的活躍表現，黯然敗北的無名主宰，綁架了一名染色體異常的孩童，並讓他急速成長，將他任命為新首領--杜蘭莎。

【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第2話【神秘的白羽手裡劍】面對武神像迎面襲來的攻擊，一個神秘的身影適時替小飛俠們解危。歐俊也被白羽手裡劍打倒。鐵雄等人再次回想起有關大明的記憶。

【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第3話【地獄黑騎士】一卷警示惡魔黨基地建設計劃的錄音帶，被送到了國際科學技術廳。科學小飛俠根據錄音帶內，酷似大明聲音所提供的線索，前往弗蘭茲魯斯。

【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第4話【大明回來了!?】惡魔黨在戴拉沙漠地底建設的秘密基地意外發生大爆炸。鄰近的城市受到影響，發生了大地震。

【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第5話【神秘原始人來襲】大約三萬五千年前滅絕的原始人在現代復活，他們摧毀了叢林地區富爾吉尼亞的村莊。科學小飛俠前往村莊調查，發現之前認識的移民家庭藤堂一家中，只有年幼的兒子倖存。

【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第6話【衝擊的金字塔力量】地中海洛德島南方海面，接連發生飛機與船隻失蹤的事故。這片海域中散佈許多無人島，而其中心正是由伊吉普特財團，以金字塔能量系統實用化為目標，所建設的金字塔都市。

【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第7話【恐怖的變異體作戰】無名主宰開發了能快速成長並且攻擊人類的宇宙植物「蕾達」。然而，在最終實驗過程中，由於隊員的失誤導致一顆種子遺失。

【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第8話【月世界的火鳥】為了調查觀測衛星連續消失的真相，珍珍與阿丁搭乘天文觀測衛星前往現場。然而，觀測衛星卻被突如其來的黑色巨大移動要塞擄走了。

【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第9話【皮爾的滅亡】科學小飛俠在北極海發現了惡魔黨的基地，駕駛新鳳凰號出動。察覺此事的杜蘭莎朝科學小飛俠的航道發射飛彈，並且自信地以為勝券在握。無名主宰看著杜蘭莎，想起過去的部下皮爾。於是他提出忠告，要杜蘭莎不可大意。

【早期影片畫質，比例為4:3 兩邊會有黑邊】第10話【赤道的暴風雪】南國的島嶼突然遭受猛烈暴風雪襲擊，數萬人凍死。在近海偵察的阿龍，座機受潮流影響而故障，被沖到某座島上。阿龍在島上遇到了專門捕鯊魚的老人羅科。