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在不久的將來，一座大城市的郊外。喬．洛根與他心愛的妻子和兒子過著簡樸的生活。某天晚上，他們發現屋外有異狀，遭到突然出現的多名黑衣忍者闖進家門襲擊。他的妻子和孩子被殺害，他自己也被入侵者的武器刺穿身體並失去知覺。可是，他卻奇蹟般地活了下來，並在病房裡甦醒。然而，就在當晚，忍者們又再次出現在醫院…。

喬．洛根是個虛構的人，他的真實身分是脫離忍者組織的叛忍—彼岸。他所屬的忍者組織原屬於日本，但由於世界局勢的變化、領導者的更替，成為了隸屬某個大國的忍者組織。彼岸為了幫妻子和孩子報仇，決定摧毀該組織，並獨自前往該組織的藏身之處，但藏身處已空無一人。為了獲取更多情報，彼岸聯繫了FBI探員邁克。當他們懷著不同意圖相約在中餐館見面時，卻意外遇到了不速之客…。

忍者組織繼續為了消滅彼岸而出動。該組織擁有一名人稱「死神」的王牌忍者，但組織領袖山治禁止他與彼岸接觸。同時，FBI 探員邁克得知高層試圖掩蓋忍者組織襲擊中餐館的事件，於是他與彼岸聯手以期更能接近真相。他們開始私下調查神秘公司AUZA，精通科技的FBI調查員艾瑪也加入成為他們的搭檔。

從神秘忍者的襲擊中恢復後，彼岸、邁克和艾瑪調查通往AUZA市的路線。然而，他們似乎不太可能避開前進市內的嚴格安檢。AUZA公司社長約瑟夫已經與忍者組織建立了密切的合作關係，並正計劃著與組織高層一起擊敗彼岸的下一場戰鬥。彼岸決定獨自入侵AUZA市，但在即將闖入城市之際，某個人竟突然現身…。

追逐AUZA的邁克根據搭檔艾瑪獲得的情報，成功聯繫上AUZA的前研究員傑森。傑森與邁克合作，利用他擅長的駭客技術收集資訊，但卻遭AUZA發現並派遣了傭兵前往傑森的所在處查看。同時，入侵AUZA失敗的彼岸從一位神秘合作者那裡獲得了另一條路線的資訊。彼岸明知這是陷阱，仍選擇潛入，卻遇到了穿著名為「甲冑裝備」高科技戰鬥機甲的奇怪忍者們。

彼岸被組織成員飛鳥救出，並正在接受治療。在治療艙裡，飛鳥突然告訴他一個令人難以置信的真相。既然背叛已經曝光，飛鳥趕緊為彼岸準備「甲冑裝備」，作為她對抗組織的唯一手段。在此期間，其中一名忍者組織幹部襲擊了飛鳥和彼岸的藏身之處。飛鳥試圖與之交戰並持續堅持，直到彼岸的「甲冑裝備」完成充能啟動，但是…。

獲得「甲冑裝備」後，彼岸展開與忍者組織幹部一對一戰鬥。彼岸與這套「甲冑裝備-神威」完全同步，發揮出其力量。彼岸對忍者組織給予了反擊，山治命令「死神」財接手結束這一切。飛鳥向彼岸講述了她與麻里的交情，麻里是她的恩師、也是彼岸的妻子。飛鳥為了獲取情報而被派往FBI臥底，也是幫助彼岸的神秘合作者。為什麼她會有這麼多不同面孔？

AUZA公司社長約瑟夫的野心是控制整個國家的能源基礎設施，而山治麾下的忍者組織已經成為支持這一目標的武裝團體。艾瑪決定與彼岸並肩作戰，冒著風險從AUZA那裡偷走了「甲冑裝備」的能源罐，並遇到了該組織的高層Big D。逃亡中的邁克和傑森想出了利用艾瑪的車載著電腦繼續調查的想法，最終與彼岸及艾瑪會面。當艾瑪透露自己一直以來隱藏著真實身分時，邁克…。

AUZA社長約瑟夫和忍者組織首領山治之間開始產生了摩擦。彼岸一行人於旅館待命，在艾瑪和傑森的幫助下，他們對AUZA進行了駭客攻擊，並找到了更多關於AUZA的機密資訊。該組織的高層Big D出現並挑戰彼岸進行公平戰鬥。邁克和艾瑪試圖阻止傭兵的進攻，但在他們與Big D的戰鬥結束後，卻發生了令人驚訝的事。

財小時候被人口販賣集團抓獲。有一天，他被山治等人釋放，從此在忍者組織中長大。讓他堅硬的心鬆懈下來的是他與麻里和彼岸建立的友誼。然而，當兩人離開組織後，財深受傷害。才剛哀悼艾瑪的彼岸收到了財的一封決鬥書。另方面，AUZA開始主動出擊，放出邁克、艾瑪、傑森等人是恐怖分子的消息。為了解決這個問題，邁克前往與他FBI的長官談判，但是…。

在與彼岸的戰鬥中，財以憤怒的方式表達了迄今為止的感受。彼岸接受了財的真情流露，並在決鬥後離開了財。約瑟夫襲擊了山治的藏身處，試圖切斷與山治的聯繫，但山治早就察覺到他的密謀，忍者組織搶先佔領了AUZA的總部。約瑟夫試圖逃離公司，而在那裡出現的竟是…。

迪麗選擇保護約瑟夫並與山治戰鬥，但山治以壓倒性的力量反擊。於此同時，一個意想不到的人出現在彼岸面前，他懇求彼岸能夠突破忍者一族那受到歷史和詛咒所束縛的悲傷命運。同時，已被當局拘留的邁克反以AUZA與政府勾結為籌碼，繼續與FBI談判。約瑟夫被逼入絕境，出手威脅政府。擁有了AUZA後，山治也在尋找新的忍者之路。

邁克得知約瑟夫試圖叛逃，於是獨自開車跟蹤他。約瑟夫的位置是傑森透過駭客攻擊後發現，他被邁克逼到了牆角，並試圖伸手去啟動AUZA反應爐的爆炸開關，但是…。同時，用武力脅持了所有國家政要人物的山治，向彼岸講述他的組織所追求的事業。當他們刀刃交鋒之時，彼岸在山治秘術的深處世界裡，飽受過去的陰影折磨。