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第1話【有二就有三】，在蓮獲得亞軍的團隊對抗賽「第二屆特攻強襲」（SJ2）結束的三個月後，宣布「第三屆特攻強襲」（SJ3）即將舉行。不久後，由Pitohui、M、不可次郎和蓮組成的最強團隊「LPFM」的消息傳了開來。對蓮抱持執念的克拉倫斯，燃起鬥志準備擊殺Pitohui的夏莉，以及在SJ1中敗給蓮、想要復仇的SHINC成員們。比SJ2更加盛大的狂宴即將開始…！

第2話【大貨車作戰】，SJ3開始了。這次的場地是一個四面環海的小島。在島的中間有一個稍高的山丘, 上面標註著“UNKNOWN”。「這個UNKNOWN，應該就是這次的《特別規則》吧？就在蓮在這樣想的時候, 突然發現海岸的水位正在上升。原來, 作為賽場的小島正在一點點沉入海中！被迫前往有著未知危險的「UNKNOWN」的蓮一行人, 途中, 他們遭遇為了擊敗奪冠熱門LPFM而結盟的小隊聯合的襲擊。

第3話【克拉倫斯和夏莉】，雖然LPFM反過來擊敗了大部分的聯合小隊，但島嶼仍持續下沉，可活動的區域大幅減少。蓮一行人決定避開海岸，並制定策略，要穿越聯合小隊所集中的東北區域。同時，克拉倫斯加入了聯合小隊後，提議要把小隊分成兩人一組，再對LPFM發起波狀攻擊。沒想到，作戰才開始，克拉倫斯立刻背叛了隊友並逐一擊殺。而脫離KKHC並獨自行動的夏莉也開始攻擊聯合小隊!

第4話【啟動特別規則】，在克拉倫斯和夏莉的聯手之下，聯合小隊慘遭團滅。她們兩也在激烈的戰鬥中同歸於盡，KKHC也進而全軍覆沒。LPFM則駕駛著在貨車裡找到的卡車，彷彿行走在無人之地般，悠然地前往UNKNOWN。另一方面，被傳送到島嶼東南部的SHINC，不等掃描結束便立刻進軍。途中遇到粗暴的BKA隊，並輕鬆將其擊潰。接著遇上只裝備光學槍的RGB。只是SHINC早已做好萬全準備要來對付光學槍，利用反坦克步槍進行遠距離狙擊，輕而易舉地殲滅了RGB。

第5話【叛徒的選擇】，官方團隊宣布了一項令人震驚的特別規則：從剩下的6支小隊中各挑選1人作為「背叛者」，組成全新小隊。LPFM隊由Pitohui成為背叛者，而SHINC則是隊長伊娃被選中。Pitohui對於能與蓮一戰感到興奮不已，而伊娃則心懷與蓮對決的期望，果斷退出了小隊。隨後，所有「背叛者」在UNKNOWN區域的一艘豪華遊輪上集合，最可怕的「Betrayers」（BTRY）小隊正式成立！

第6話【還有時間的攻防戰】，朝著島嶼中央前進的蓮一行人，發現了一艘停泊在中央的豪華郵輪。島嶼仍然不斷地往下沉，如果不搭上船就會溺死。但BTRY早已在船上埋伏，讓人難以輕易靠近。到底哪支小隊會先行動呢？在剩下的小隊互相牽制的同時，豪華郵輪的小艇開始掉落，逐一封鎖船隻下方的入口。LPFM做好覺悟，隨著M的射擊聲，率先展開突襲。與此同時，其他小隊也紛紛朝郵輪前進。BTRY和殘存小隊們為了活到最後，生死決戰即將開打！

第7話【反轉】，收到Pitohui命令而不阻止進水並且不停航行的豪華客船，逐漸開始沉沒。與LPFM激戰後，SHINC迎來了全滅的結局。另一方面，MMTM因為Pitohui事先設置好的陷阱而遭到滅團。殘存的T-S也因為不停前進的豪華客船撞毀所在的大樓，落海死亡。對於殺害自己小隊夥伴的Pitohui感到憤怒的大衛，對其發起了對決。而伊娃為了與蓮之間的決戰，展開了行動。

第8話【決鬥】，LPFM中，真正的《背叛者》其實是蓮。Pitohui為了讓蓮拿出真本事戰鬥，便假裝自己是《背叛者》。蓮得知真相後，果然大發雷霆，誓言一定要打倒Pitohui。她與伊娃會合，並以BTRY的名義與LPFM對決。Pitohui為了能和BTRY公平對決，命令M不要出手干涉，並選擇與不可次郎搭檔，一同迎戰BTRY。SJ3的最終決戰，終於拉開序幕……！

第9話【前往戰場的邀請】，刺激的SJ3結束後已經過了一個月。返鄉回北海道的香蓮向美優坦言自己對於是否要繼續玩GGO感到動搖。然而美優看出了香蓮真正的煩惱，她因為艾莎以及咲對自己純粹又強烈的競爭心感到困擾，也對於在GGO互相殺戮一事感到猶豫，卻又被戰鬥的樂趣所吸引。就在這時，GGO官方發出了與SJ截然不同的新遊戲模式的試玩邀請。遊戲內容是在特設的專用場地內，多支小隊同時攻略新型NPC所防守的據點。

第10話【惡魔城】，為了與SHINC的伊娃認真對決，蓮決定參加試玩。這次試玩的目標為殲滅7名NPC或是從其手中奪回毒氣彈頭。蓮與LPFM的夥伴，在一同前往敵方所在的目的地時，遇到了SHINC小隊。就在準備突擊的瞬間，他們受到了來自ZEMAL的攻擊。使用了背包型供彈系統而彈無虛發的ZEMAL攻勢非常猛烈，因此他們未能把握反擊的機會。

第11話【Pitohui的突擊】，在城中據守的NPC擁有超乎想像的強大實力，MMTM和SHINC輕易地就被全滅。接著，ZEMAL舉著寫有「我們不是敵隊勢力!讓我們進入城堡!」的標語試圖進入城中，然而卻因為Pitohui的阻撓幹擾而失敗了。 就在此時，LPFM的珍貴的無人機被NPC的攻擊所擊落。於是，Pitohui提議向其他團隊要求合作闖關。 T-S、ZEMAL、MMTM和SHINC攜手合作開始攻城！

《刀劍神域外傳 Gun Gale Online》本作是全球累積發行量突破3,000萬本的《刀劍神域》衍生出的故事。由原作時雨澤惠一與角色原案黑星紅白共同打造的『另一個版本的SAO』。故事舞台設定在充滿彈藥與煙硝味的VRMMO（虛擬實境大型多人線上遊戲）《Gun Gale Online》。因身高而感到自卑的小比類巻香蓮，為了擁有另一個更小的自己，因而踏入VR遊戲的世界。她化身為遊戲角色《蓮》，手持愛槍《P90》，挑戰團隊對抗的死亡對決《Squad Jam（特攻強襲）》。2018年4月開播的TV動畫第一季中，少女們展現的刺激槍戰場面，引發了國內外廣大迴響。