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北鏡市的國中生天束光，某天尋著謎樣般的求救聲，和失去記憶的機械生命體阿爾瑪相遇。不知為何，阿爾瑪和阿光穿的連帽衣結合了。無法對阿爾瑪見死不救的阿光，決定和阿爾瑪一起行動。此時出現了以阿光和阿爾瑪為目標的謎之機械使……！

以為了保護阿爾瑪的名義，機械使茈瑪晶轉入了阿光的班級。她隸屬名為ARMS的組織，二十四小時跟在阿光和阿爾瑪身邊。就這樣，讓阿光感到很疲累。另一方面，奪取機械臂們的自我意識，如兵器般使用的那企業「耶我迴集團」的目標也是阿爾瑪……？

阿光和阿爾瑪被帶到ARMS總部，在那裡得知阿光根本就不適合成為機械臂使，但為了保護阿爾瑪，只能讓他留在ARMS的監視下。此時，連續發生好幾起將機械臂從機械臂使身上強制摘除的事件，阿光和阿爾瑪跟隨阿晶調查這起事件……。

阿光和阿爾瑪一起生活，並以ARMS的成員開始行動。阿晶則在學校時，隨時跟在阿光身邊。此時，想搶走阿爾瑪的耶我迴集團大少爺，耶我迴純轉到阿光的學校。耶我迴似乎知道阿爾瑪的過去，阿光為了得知跟阿爾瑪記憶相關資訊，想盡辦法跟耶我迴對話……。

阿晶追逐家族的仇人，蟲型機械使到巷底…然而，其真面目居然是被捲入事故，早已死亡的雙胞胎妹妹吹雪。意想不到的重逢，以及從吹雪口中得知事故真相後，阿晶感到非常困惑。甚至，又揭開了一項更殘酷的事實。

在北耶我迴市全區域頻頻發生突然失去自我意識的機械臂使們集體失控。阿光參與尋找引起騷動的元兇是蟲型的機械臂孤挺花，以及和孤挺花一起行動，被懷疑共同參與這起事件的阿晶。另一方面，為了救吹雪的性命，阿晶被孤挺花威脅得帶阿光過去，阿晶究竟會採取什麼行動……？

在與孤挺花激烈戰鬥的過後，阿爾瑪恢復了過去的記憶；他露出了嚴峻的表情，在阿光的追問下，離家出走了。為了找到阿爾瑪的下落，阿光來到阿爾瑪的哥哥菲斯特所在的ARMS總部；並且，從菲斯特口中得知阿爾瑪和機械臂們的過去。

100年前，因機械臂的始祖奧德拉的封印被解開，而使得耶我迴集團創始者八雲英年早逝。在100年後的現代，耶我迴集團企圖利用沉睡的奧德拉之力，連結至機械臂世界的閘門。而身為打開閘門TRIGGER的阿爾瑪被集團抓住了……。

為了再次封印覺醒的奧德拉，阿光和阿爾瑪，以及得到力量加成的人工機械臂耶我迴，開始合力總攻擊！耶我迴和其兄長直人的過去，以及這次事件的幕後黑手終於現身……！？

幕後黑手出現在阿光和阿爾瑪面前，他是ARMS的首領，艾爾吉斯和其機械臂菲斯特。甚至在艾爾吉斯的面具下，其實隱藏的是100年前已死亡的八雲…！？他們的目的究竟為何？圍繞阿光身邊的機械臂和機械臂使的最終決戰，現如今拉開帷幕！

菲斯特獲得了奧德拉的力量，企圖支配並把這個世界打造成機械臂的新天地。然而在戰鬥中，阿光為了保護阿爾瑪不受菲斯特的攻擊，陷入瀕臨死亡的狀態。為了救活阿光，耶我迴想到了某個方法。

耶我迴集結大家的力量，成功復活了阿光，卻被獲得奧德拉之力的菲斯特，趁機奪走了身體。為了奪回耶我迴的身體，阿光再次起身戰鬥。阿爾瑪VS菲斯特，兄弟之間的對決，其結果是……？