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第1話【or not to [B]e】，輔助機042報告，西元5012年。名為外星人的生物入侵地球。自從人類逃至月球，人類發明的人造人與外星人製造的機械生物在地表上展開長期戰役。本機體為隨行支援裝置輔助機042。於11945年3月10日執行的「第243次空降作戰」，負責支援隸屬寄葉部隊的人造人2B。今後將與同一作戰中負責隨行支援寄葉機體9S的輔助機153共同定期報告任務進度。

第2話【city e[S]cape】，輔助機153報告，探索地面的過程中，發現資料庫並無登錄的新資料。將轉送至共享伺服器。其機械生物的使命是破壞人造人。然而該機械生物無意與人造人交戰。該機械生物發現一朵小花。該機械生物感受到自己體內有不可思議的「某種東西」逐漸萌芽……

第3話【break ti[M]e】，輔助機042報告，寄葉機體2B與9S救出遭機械生物襲擊的抵抗軍集團。抵抗軍部隊首領自稱為莉莉，帶領他們前往抵抗軍居住的抵抗軍營。從駐紮在營地的抵抗軍成員怪卡絲口中得知機械生物特殊個體的相關情報。判斷本情報與2B・9S肩負的調查任務內容相同。他們與怪卡絲共同開始探索沙漠地帶。

第4話【a mountain too [H]igh】，輔助機153報告，於沙漠地帶進行調查，發現多數在過去紀錄查無資料的特殊個體，如「會講話的機械生物」以及「外表酷似人造人的機械生物」。具體情報已上傳至伺服器。另外，2B、9S兩位收到司令部命令，前往搜索寄葉部隊隊員。行蹤不明的機體似乎是在地面執行任務時斷了音訊。已鎖定黑盒訊號的來源地點。將於該地點展開搜索。

第5話【mave[R]ick】，輔助機042報告，已於廢棄都市區域確認情報，抵抗軍與機械生物有交易往來。人造人與機械生物為敵對關係，然而對於交易對象的機械生物，並無偵測到敵意反應或是戰鬥的意思。將與接受莉莉委託運送原料的2B、9S一同於該地區展開調查。

第6話【[L]one wolf】，輔助機042・輔助機153兩機協同報告，發現疑似為部分過去紀錄的資料。傳送至共享伺服器。11941年12月8日。為執行某項機密任務，偶然遇見派遣至地球的人造人們。沒見過那種外觀，他們自稱是「寄葉部隊」。司令部拋棄我們。寄葉部隊神秘又凡事保密。但是，若只會懷疑，便無法守護家人。……只願我的選擇，以及我們的戰鬥．能夠成為終結這場長期消耗戰的契機。

第7話【[Q]uestionable actions】，輔助機153報告，關於目前任務進度，遇見多數機械生物變異體，與部分機械生物展開戰鬥。比照上次辦理，各個體的情報已經上傳至伺服器。為做足準備迎敵，要求地堡分析情報並共享結果。確認個體識別訊號：「帕斯卡」的反應，機械生物村莊中似乎有一個個體迷失方向。將受託於森林王國地帶展開搜索。

第8話【aji wo [K]utta ?】，2B和9S被司令委派追殺A2的新任務，問及對方叛變因由時被回應是機密事項。帕斯卡表明未有正式接觸，而直覺對方是當年2號的莉莉則表示無可奉告。兩人之後被孤立的女人造人雙子建議前去「沉沒都市」找怪卡絲。追尋不果之際，9S有著興致拿下戰鬥眼罩和鞋，進行人類歷史上一件無意義的事情╴╴海水浴。2B也跟隨脫下眼罩眺望景色，更發現了粗生的月之淚。

第9話【hun[G]ry for knowledge】，西曆5012年。突然入侵地球的「外星人」與其製造的「機械生物」導致人類面臨滅亡危機。僅存的人類逃至月球，為了奪回地球，利用「人造人」士兵展開反攻作戰。然而無限增加的「機械生物」阻擋在前，戰爭陷入膠著狀態。作為最終兵器，人類派遣新型人造人「寄葉」部隊至地球。剛被派往地球的「2B」與先行調查員「9S」會合，一同執行任務，卻在途中遇見許多神祕難解的現象……。這是關於為人類而戰，無生命「人造人」的故事……。

第10話【over[Z]ealous】，西曆5012年。突然入侵地球的「外星人」與其製造的「機械生物」導致人類面臨滅亡危機。僅存的人類逃至月球，為了奪回地球，利用「人造人」士兵展開反攻作戰。然而無限增加的「機械生物」阻擋在前，戰爭陷入膠著狀態。作為最終兵器，人類派遣新型人造人「寄葉」部隊至地球。剛被派往地球的「2B」與先行調查員「9S」會合，一同執行任務，卻在途中遇見許多神祕難解的現象……。這是關於為人類而戰，無生命「人造人」的故事……。

第11話【head[Y] battle】，西曆5012年。突然入侵地球的「外星人」與其製造的「機械生物」導致人類面臨滅亡危機。僅存的人類逃至月球，為了奪回地球，利用「人造人」士兵展開反攻作戰。然而無限增加的「機械生物」阻擋在前，戰爭陷入膠著狀態。作為最終兵器，人類派遣新型人造人「寄葉」部隊至地球。剛被派往地球的「2B」與先行調查員「9S」會合，一同執行任務，卻在途中遇見許多神祕難解的現象……。這是關於為人類而戰，無生命「人造人」的故事……。

第12話【flowers for m[A]chines】，西曆5012年。突然入侵地球的「外星人」與其製造的「機械生物」導致人類面臨滅亡危機。僅存的人類逃至月球，為了奪回地球，利用「人造人」士兵展開反攻作戰。然而無限增加的「機械生物」阻擋在前，戰爭陷入膠著狀態。作為最終兵器，人類派遣新型人造人「寄葉」部隊至地球。剛被派往地球的「2B」與先行調查員「9S」會合，一同執行任務，卻在途中遇見許多神祕難解的現象……。這是關於為人類而戰，無生命「人造人」的故事……。

第13話【reckless bra[V]ery】，西元5012年。突然從外宇宙飛來的「外星人」入侵地球。人類逃至月球，「人造人」與「機械生物」在地表上展開永無止境的長期戰役。西元11945年。「第243次空降作戰」開始。從此「寄葉」部隊的「2B」與「9S」開始執行地表奪還作戰。於廢墟都市附近出任務時，抵抗軍委託協尋下落不明的人造人。2B・9S兩位考慮到此事可能與司令部指派的調查任務有關。開始搜尋該機體。

第14話【mission [F]ailed】，隸屬寄葉部隊的2B・9S成功擊破了敵軍機械生物的基幹裝置＜亞當＞以及＜夏娃＞。此刻，機械生物暫時陷入混亂狀態。＜人類軍＞判定這是殲滅敵人的好機會，命令寄葉部隊全體向機械生物發動總攻擊。本機體將與隨行支援對象9S一同於本作戰執行S型機體統籌任務。

第15話【no [I] in team】，為殲滅機械生物，寄葉部隊與抵抗軍共同作戰，於地表展開大規模進攻作戰。然而發現機械生物裝置數超乎預期。各地區陸續提出支援要求。本機與隨行支援對象2B一同於地表上援護人造人。―.. ――警告：確認遭受敵軍EMP攻擊與病毒入侵 ―――― 通訊失敗 ――

第16話【broken [W]ings】，不僅是地表上的寄葉部隊，連＜地堡＞都遭到機械生物以病毒侵蝕，啟動自爆程序。第十三衛星軌道基地地堡因此崩落。2B與9S皆免於汙染危害，成功逃離地堡。此刻將開始再度空降地表，尋找殘存的寄葉部隊，完成任務。

第17話【bad [J]udgment】，於支援對象的記憶領域發現一部分區域受損。開始修復殘存資料。11941年12月8日。以新型機體組成的＜寄葉＞部隊開始執行戰鬥作戰。空降於地表的過程中，我們遭到機械生物突襲，被一群舊型人造人救援。

第18話【chil[D]hood＇s end】，―― 確認本機隨行支援對象寄葉機體＜2B＞機能停止。――今後支援對象更改為寄葉機體＜A2＞。確認A2的機體因為巨大建築出現並引發崩塌時的衝擊而受損。推薦迅速進行維修，然而A2表示拒絕。本機為確保支援對象的安全性，將持續要求進行維修。

第18.5話(總集篇)【「尼爾：自動人形 Ver1.1a」 Chapter.13-18 調查報告】，在始於西曆11945年的「第243次空降作戰」，發現人造人與機械生物出現各種異常變化。將開始彙整並引用至今輔助機系統伺服器中蒐集並累積的紀錄資料。

第19話【corru[P]tion】，本機隨行支援對象9S在巨大構造＜塔＞出現時引起的崩塌受到波及而負傷。以現在狀態而言，必須維修與休息，然而9S拒絕。已離開抵抗軍營，正往塔接近。已知想進入塔＜主單位＞，必須先解鎖名為＜副單位＞的構造。本機與9S為取得密碼，將開始探索副單位。

第20話【deb[U]nked】，收到＜莉莉＞的委託，為取得材料，正與A2一同造訪＜機械生物之村＞，發現有多數敵意機械生物往該地區行進中。敵方群體無指揮裝置，現階段行進的理由無從得知。在為了強化裝備而暫時離開前線的＜帕斯卡＞回歸之前，將與A2以及村內的機械生物一同展開防衛作戰。

第21話【[N]o man＇s village】，交戰結束，＜機械生物之村＞毀滅。確認生存的機械生物已至＜抵抗軍營＞避難。但是，探測出新的超大型機械生物正往該地區行進中。―― 收到抵抗軍營請求支援 ――抵抗軍營內疑似爆發嚴重病毒汙染。正與A2以及帕斯卡前往了解情況。

第22話【just y[O]u and me】，9S成功獲得了進入＜塔＞主單位的3種必要密碼。在嘗試進入塔的過程中、發現了以下資料。已登錄為須解析事項......並非■■■。我是■■■■■。你還沒■■■■■。■■、■■是在■之中■■。然後......