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在鳴人的幫助下伊馱天終於到達折返點，雖然伊馱天也因此重新燃起鬥志，但是葵的阻擋依然存在，即使鳴人和佐助卯足全力，卻仍然不是葵的對手…

眼看著佐助和小櫻跌落到懸崖下的鳴人，決心無論如何都要打敗眼前的葵，即使明知螺旋丸不是雷神之劍的對手，但鳴人仍不氣餒…

佐助回到木葉忍者村之後，在綱手的調養下，病情很快就復原了。此外，鹿丸因為在中忍考試中表現不俗，在綱手的認可下，成為唯一晉升為中忍的考生。

眼看著鳴人和佐助之間的衝突一發不可收拾，還好卡卡西老師即時出手阻止，才沒有釀成無法收拾的後果。

大蛇丸為了得到佐助，一次就派了四名手下前往木葉忍者村，而復仇心強烈的佐助，果然中了大蛇丸的計，決定去找大蛇丸，尋求更強大的力量。

當鋼手得知佐助已離開木葉忍者村後，立刻找鹿丸為首執行將佐助帶回來的任務，並在出發前擬定好如何應付敵人的陣式…。

為了讓佐助的力量增強，音之四忍者在大蛇丸的交待下，製造結界幫助佐助渡過力量增強的過度期，而這段時間木葉忍者村的上忍也剛好發現音忍的蹤跡。

由於鹿丸等人的行跡敗露，使得原以為可以萬無一失的行動，頓時間就被困在對手的忍術陣法裡。

在鹿丸的領軍之下，終於突破次郎坊的土遁結界．土牢堂無，雖然鹿丸立刻做好分工的細節，但是丁次後來卻決定要留下來單獨面對次郎坊。

丁次從小就是個小胖子，也因為動作不夠機靈，常遭到同伴的排擠，但是鹿丸卻觀察到丁次不為人知的優點，也因此成為從小就是好朋友的死黨…。所以即使大家都不看好丁次會是次郎坊的對手，但是鹿丸仍然相信丁次是他最好的夥伴，在鹿丸的影響之下，鳴人、牙、寧次也改變了對丁次和的看法。最後丁次果然不負眾望打敗了次郎坊，但是也面對了吃下紅色藥丸的最大副作用…。

鹿丸一行在急起直追之下，終於追到了鬼童丸一行人，雖然刻意安排了階段性的戰略，卻仍然不是鬼童丸的對手，後來是寧次找到了攻擊竅門，並決定單獨留下來對付鬼童丸。

隨著丁次的落單，為了顧全大局的寧次也決定單獨留下來對付鬼童丸，即使寧次是木葉忍者村下忍中的佼佼者，但面對實力強大的音忍，還是顯得相當吃力。

眼看著寧次就快死在鬼童丸的手中，但是寧次最後還是在瀕死之中，找到對方的弱點，並加以攻擊，而給他這種原動力的人，就是鳴人。

由於大蛇丸已等不及佐助的到來，於是只好先選擇轉生到其他較適當的容器…。鳴人一行人終於順利的把裝佐助的棺材搶回來，只不過左近和多由也，當然不會輕易的放過他們…。

眼看著鹿丸他們就要順利地把佐助帶回去，沒想到牙為了救受困的赤丸，竟然和左近一起跌落山谷…。

隨著君麻呂的出現，鳴人他們的任務也變得沒有他們想像中的那麼順利，雖然暫時奪回了佐助，卻又馬上被君麻呂劫走，鳴人負責將佐助追回，鹿丸則是留下來對多由也。

牙為了救赤丸，使出傷害自己的方式逼出右近，雖然傷了右近，自己也因此身受重傷…。而對面君麻呂的鳴人，則是被眼前這種來沒見過的忍術，逼得不知該如何因應才好…。

雖然鳴人誓言不會讓君麻呂想帶佐助，但是眼看著君麻呂拔出自己的骨頭當作武器，而自己的影分身之術卻發揮不了大作用時，卻也莫可奈何…。

面對君麻呂一籌末展的鳴人，眼看著所有的分身都被打敗，卻還是無法動到君麻呂一根寒毛，更糟的是，佐助已從桶棺裡出來，隨即離開…。

鳴人在小李的協助下，才有辦法前去追獨自跑掉的佐助，而鹿丸則是繼續和多由也對峙，牙則是在身受重傷的情況下，繼續逃亡…。

眼看著就快成為音之忍者們手下敗將的鹿丸他們，就在千鈞一髮之際，砂之忍者的我愛羅、手鞠、勘九郎即時出現，救了鹿丸他們…。

本來是小李對君麻呂的戰鬥，在我愛羅的現身之下，情況頓時轉變，雖然剛開始看起來好像是我愛羅佔上風，然而事實上君麻呂並非等閒之輩。

我愛羅和君麻呂的攻防仍然繼續，就算我愛羅再厲害，查克拉也會有用盡的時刻，就在我愛羅用盡全力將君麻呂埋在地底下的時候，隨口批評了大蛇丸，沒想到因此被激怒的君麻呂。

在鹿丸一行人的戰鬥一一落幕之後，接著就是鳴人要用什麼方法帶佐助回去了，雖然鳴人終於追上了佐助，但是得到一部分大蛇丸力量的佐助，已不是鳴人能應付得了的對手。

面對已得到大蛇丸力量相助的佐助，鳴人似乎有點招架不住，然而鳴人一心想帶佐助回木葉忍者村的心意，也不禁讓佐助想起了對過去那段不堪回首的記憶。

佐助和鳴人之間的對決仍然是佐助佔上風，然而在交手的過程中，過去的回憶卻一幕幕地浮現在佐助面前…。

來佐助當年之所以存活下來的原因，就是因為他也擁有學會萬花筒寫輪眼的天份，佐助為了得到當年哥哥早就已經學會的萬花筒寫輪眼，面對了最好的朋友－鳴人，卻還是狠下心來想取他的性命。

卡卡西出任務回來後，得知綱手派一群菜鳥去追佐助，感到相當不可思議，當下就放下新的任務，追尋兩人下落…

佐助挑明了告訴鳴人自己想擁有更強大的力量，而鳴人則是想把自己視為至親好友的佐助給帶回去，一段得不到共識的對話就此打住。

卡卡西在帕克的帶領下一路狂追…而鳴人和佐助則是彼此打得難分難解，雙方甚至都使出最極致的奧義，想替這場從過去到現在，甚至會延續到未來的戰鬥做最後的註解…

鳴人被送回木葉忍者村治療後，得知除了佐助之外，其他出任務的人都回來了，雖然丁次和寧次身受重傷，但也總算是不幸中的大幸。

小櫻決心自行去尋找佐助的下落，知道小櫻會這麼做的鳴人，當然也不可能坐視不管。於是自來也為了保護鳴人和小櫻，決定向綱手請求，由他帶著他們兩人一起出Ｓ級任務。

自來也以蒐集情報為由，前往煙花柳巷，沒想到卻遇到專門打劫的盜賊，卻也意外得到大蛇丸的相關消息。

鳴人和小櫻為了保護莎莎不遺餘力，後來在自來也的幫助下，終於擊退音之忍者，沒想到後來莎莎竟然背叛鳴人他們，在達成任務後，莎莎也發現自己原來也受騙。

在自來也的帶領下，鳴人和小櫻他們終於進入大蛇丸的宅第裡，沒想到才剛進去不久就得兵分三路，他們也因此各自遇到自己必須克服的陷阱…

小櫻在落單之後，走到了一扇門前，本來想打退堂鼓，卻因為聽到兜的聲音而繼續前進，就在小櫻飽受兜與大蛇丸的威脅，即將面臨死亡的時刻，鳴人及時出現…

眼看著小櫻就要被阿嵐他們給殺了，還好鳴人及時相救，並給小櫻加油打氣，然而眼看著鳴人陷入困境，小櫻卻還是無法幫上忙，小櫻也因為這一連串的事件，悄悄地在心中下定決心…

木葉忍者村裡有一處專門看管重罪犯人的監獄，這次的故事就是從那裡發展出來的。當綱手在調閱過去的檔案時，懷疑當年誘騙鳴人竊取重要卷軸的水木，與大蛇丸之間有非比尋常的關係。

鳴人發現阿斯瑪與紅倒在監獄裡之後，就知道出事了，再加上本來和靜音一起去追擊水木他們的咚咚突然跑回來，表明靜音出事，鳴人於是帶著咚咚立刻出動打算解救靜音…

隨著水木與伊魯卡的交戰，昔日的恩怨情仇也逐一浮現。至於對付風神與雷神兄弟的鳴人，似乎絞盡腦汁也找不出可以對付他們的好辦法…

就在鳴人陷入危機的時候，鹿丸、井野和丁次即時出現，化解了危機。但是，力大無窮的風神雷神兄弟也不是好惹的，還好在鹿丸他們三人合作無間，總算暫時控制住風神雷神…

在鳴人和帕克即時趕到後，將伊魯卡從爆炸後的瓦爍堆中救出，後來水木的未婚妻－小樁要求同行，但伊魯卡不肯答應，於是小樁表示自己一定可以帶他們找到水木…

水木喝下了用大蛇丸的藥方所調配出來的紅色藥水後，變成了力大無窮的怪物，鳴人和伊魯卡老師都不是他的對手。

大蛇丸的相關線索再次斷了線，然而在油女志乃的提議之下，幾乎又露出了一線矚光，也就是尋找相當難得一見的微香蟲。

在志乃的帶領下，鳴人他們仍然持續進行微香蟲的搜尋工作，而志乃、牙和雛田都在搜尋過程中察覺到另外有三個人的存在。

得知雛田已被上水流一族的人擄走之後，鳴人他們也下定決心要把雛田平安救出，同時也堅持保護雛田到底。

經過一番激戰後，由志乃率領的小隊看似已全被上水流一族的人所控制，但後來雛田憑藉著一股不放棄的決心，終於掙脫蜂蠟的束縛…

酢醬草金山是川之國內少數的礦山村落，卻因為黑鍬家族的強行介入，使得整個村莊變了個樣，帶頭者的雷牙，喜歡以葬送生者的方式懲罰村民，六助等人為了向木葉忍者村求援，不惜長途跋涉來到目的地。

六助一心想救被活埋的夥伴，於是擅自離開鳴人他們，卻因此被黑鍬家族逮捕，雷牙為了報負六助偷跑，更決定替他舉辦一場葬禮…

在雷牙和蘭丸的合作無間之下，寧次的白眼幾乎無用勇之地，還因此讓鳴人和小李他們的攻擊撲了個空，後來甚至都被雷牙的雷電之牙電到暈死過去…

鳴人們在大家通力合作之下終於擊敗雷牙，但是面對頓失依靠而且死意甚堅的蘭丸，卻也不知該如何是好，後來在了解蘭丸那段不堪回首的過去之後，總算有點釋懷…

雷牙因為蘭丸的犧牲而甦醒過來，誤以為蘭丸已死的雷牙於是決定向鳴人他們討回公道。