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第1話【久瀨詩奈起源】，久瀨詩奈是一名一邊在離島上高中，一邊負責驅除「侵略種」的少女獵人。她與妹妹雪奈兩人過著和平的生活，然而，由於一名神秘男子的襲擊，詩奈被捲入了圍繞著「魔人」的命運漩渦之中。

第2話【聯合國調查機構EXCEEDS 獵殺魔人】，被高町奈葉招募進「聯合國調查機構 EXCEEDS」的詩奈，從總督八神疾風口中得知了「拯救世界的方法」。同時，黑社會裡被稱為「魔人獵人」的危險組織正悄然橫行。

第3話【久瀨詩奈與夜海永遠】，作為 EXCEEDS 的討伐隊員開始活動的詩奈，一邊驅逐侵略種，一邊順利地提升自己的力量。某天，休假中的詩奈發現一名少女正準備從橋上一躍而下，便立刻上前救援，然而……

第4話【夜海永遠起源】，偶然相遇而成為朋友的詩奈和永遠，懷抱各自的秘密持續交流著。在魔人化藥物研究施設長大的永遠回顧自己的過去，重新下定決心，要完成自己的使命——「殲滅魔人與魔人化藥物」。

第5話【遭遇】，為了討伐侵略種繁殖的原因之一——「原種」，奈葉、菲特、詩奈等 EXCEEDS 前線成員前往海外。與此同時，魔人獵人一行人也正好趕赴現場，雙方不期而遇……

第6話【藏木英司與篠宮真奈 陽光】，「魔人獵人」一行人的宿敵，魔人化藥物製造者——篠宮真奈與藏木英司。真奈對永遠的能力產生興趣，委託藏木將其抓捕。正籌劃抓捕計畫的藏木，回想起過去與弱小的「魔人」真奈相遇的往事。

第7話【第四管區地下鐵路 追蹤驅除戰】，詩奈與永遠兩人，被捲入利用寄生型侵略種發動的恐怖攻擊中。兩人為了平息事態各自展開行動。然而，這起以地鐵為舞台的事件，其實是藏木為了抓住永遠所設下的計謀。

第8話【夜海永遠沉淪】，作為「聯合國的魔人」與「魔人獵人」相遇的詩奈和永遠，在種種誤會與交錯之下，永遠最終與詩奈決裂，並下定決心離開魔人獵人的同伴們，獨自一人前往藏木與篠宮的所在之處。

第9話【EXCEEDS】，向 EXCEEDS 求助的魔人獵人一行，詩奈等人從其口中得知了永遠與魔人獵人們的出身與過去。另一方面，被警察拘禁的永遠雖然成功見到宿敵篠宮真奈，並向其發起攻擊，然而……

第10話【南極地下研究所 搜索殲滅戰】，侵略種的始祖「原種0號」被篠宮真奈掌握在手中。隨著真相，EXCEEDS 突襲了篠宮真奈的研究所。奈葉前往驅除原種0號，詩奈則與魔人獵人一同尋找永遠。而此時此刻的永遠……

第11話【魔人．篠宮真奈】，以南極地下研究所為舞台，篠宮真奈與夜海永遠、久瀨詩奈，原種0號則與EXCEEDS眾人，互相展開了激烈的戰鬥。而篠宮真奈與詩奈之間，竟然存在著意想不到的因緣。於南極的最終決戰，正式拉開序幕。