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將被敲門者毀滅的世界迎向和平的不死，從長眠中甦醒。在這充滿刺激的現代尋找著自己的容身之處。此時不死和國中生祐樹相遇，獲得了暫時居住的地方。另一方面，和不死住在相同城市的少女水葉，煩惱著與母親之間的關係。不死與水葉，兩人相遇之時，展開了全新的故事。

在亞諾梅展開新生活的不死，與古古、彭等過去的同伴再次重逢，並一起在祐樹家生活。此時，水葉突然失蹤，她唯一的朋友阪奈，和祐樹等創作藝術社的學弟妹們，到處尋找她。

水葉得知祖父家一族的歷史，她對不死的特殊情感逐漸萌芽。然而，這安穩的日子，被突如其來的悲劇所吞噬，契機就是水葉的母親泉，送給女兒水葉的禮物。

水葉殺了母親泉，不死向陷入混亂的水葉伸出援手。雖然她的祖先是哈亞瑟，但不死仍想幫助眼前的不幸少女……。然而隔天早上，不可思議的事情發生了。

本該已經死亡的水葉母親還活著，「她」究竟是什麼「東西」。不死因得不到答案而苦惱，與此同時，也開始了校園生活。水葉想和不死縮短彼此之間的距離；漸漸地，發覺自己的真實心意。

不死為了讓水葉和托娜莉好好相處而傷透了腦筋，因為他想讓大家活在能安心的世界裡……。然而與不死的預想相反，不祥的氣息在暗處蠢動。彭似乎找到了敲門者潛伏在暗處的線索。在他的帶領下，不死遇見的是一位年幼的女孩。

弘敏和水森的記憶終於被揭露。一年前，成為繼兄妹的兩人相遇，然而水森不論是在家還是在學校都很孤單，以致於敲門者奪走了她的身體。面對威脅人類世界和平的敲門者，不死再次做好與之戰鬥的覺悟，可是祐樹卻反對這個作法。

敲門者寄生在人類身上，一點一滴地侵蝕這個世界。然而，不死卻找不到解決的方法。此時，和水葉突如其來的約會，讓不死想起遙遠的回憶。那些曾經與自己生活後逝世的同伴們，而他的行動讓托娜莉很反感。

水森的身心崩壞，繼兄弘敏想盡快奪回水森，但水森本人卻拒絕了；原因只有弘敏知道，為此他仍然不斷地呼喚水森。此時，敲門者現身；激戰過後，拯救水森心靈的人究竟是……。

手持薙刀的新敲門者是跟不死同校的學生，名叫風奈。不死追尋風奈時，和昔日對手再次相遇。終於得知闊別幾百年敲門者的行動與目的時，不死再次陷入煩惱……。

不死威脅偽裝水葉的母親，但水葉卻拚死的請求，讓不死心軟下不了手。不死煩惱著該如何和敵人戰鬥，祐樹提了一個方案；不是爭執，而是別的方法……。另一方面，水葉的母親泉，開始告訴不死一行人，自己成長在守護團家族的過去。

敲門者想融入部分人們……。這和過去敲門者的行動不同，不死正在摸索該如何持續與之對抗。關於不死敲門者真正的目的，以及之後的計畫，祐樹提出了一個假設。接著，不死來到了那個少年的身邊。

水葉接受寄宿在自己體內的敲門者，與冒牌貨母親開心地過著生活。不死很擔心她，想幫水葉創造幸福的地方，而做出了某種行動。另一方面，水葉和阪奈之間的友情出現了裂痕。寄望於摯友承擔的角色，其代價為何？

同伴們因現代與過去的時代和生活不同，而抱持著各自的煩惱。托娜莉因課業焦頭爛額，古古和海洛因打架而全身受傷。不死煩惱著帶他們來這個世界真的是正確的選擇嗎？某天夜裡，不死從古古口中，聽到他對故鄉塔庫納哈的思念之情。

不死擔心同伴們丟下自己離去，所以努力的「討好」他們。此時，彭告訴不死，500年前不死陷入長眠後，同伴們如何走到人生終點。踏上旅途的日子近了。

隨著時間流逝，不死和祐樹一行人升上一個年級，但水葉不在他們身邊。為了找她，不死和神秘研究社的成員，前往守護團的大本營。穿過地下迷宮，在前方等著他們的是……。

不死在守護團大本營和祐樹一行人與水葉對峙，而學校也出現了異狀。敲門者以不死的樣貌，開始襲擊眾多學生。被逼迫到極限的托娜莉一行人，開始跟能不斷再生的敵人戰鬥。

托娜莉一行人在學校持續和敲門者戰鬥。即便憑藉著智慧和勇氣，但不間斷地戰鬥快把她們逼到絕境。地下迷宮處，祐樹一行人打算帶水葉離開，而不死繼續跟敲門者戰鬥。在敲門者的猛烈攻擊下，不死的容器一一被奪走。

祐樹一行人帶水葉平安回到地面上，守護團和水葉拿出了「友好證明」，此時祐樹採取的行動是……。另一方面，不死跟敲門者的戰鬥來到最終局面，最後剩下的容器終於覺醒了。

不死與同伴們和守護團們圍桌吃飯。現與敲門者的戰役已結束，祐樹想尋找與敲門者共存的生活之道，而試著與某個人對話。看著貫徹自我信念的祐樹，不死因自己還不知道該做什麼而感到煩惱。此時，悟提出了新的方案給不死。

隨著季節變遷，不死和水葉即將畢業。祐樹為了跟美智一同為與敲門者共存世界而到處奔走。另一方面，不死正為悟的提議煩惱不已，但也終於做出了自己將來的志願。

一開始，什麼都不是，可以變成任何模樣，也能創造出任何事物。從觀察者託付的紀錄中，不死得知自己存在的意義。經過永遠的離別，不死選擇的未來是…。