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女皇統治下的神都，大理寺執掌天下刑獄，流傳妖貓殺人一說。初到神都尋找哥哥的鄉下少年陳拾偶遇白貓，意外捲入採生折割案，結識了明鏡堂眾人，雖意外助力破案，卻與白貓一同被關入獄中。

陳拾被一名為李餅的男子所救。二人上街時發現，陳拾與白貓已然被列為妖貓案疑凶，神都貼滿了大理寺下發的逮捕文書。大理寺中迫於壓力，竟將妖貓案交給了兩年間一個正經案子也沒破的明鏡堂眾人，限期三日，拿人結案。

孤女身世引出了三年前妖貓案，大理寺當年竟以妖貓殺人結案實屬荒唐，李餅決定將新舊案件都查個明白，還陳拾清白。二人勘察現場時，與金吾將軍邱慶之和長史來仲書不期而遇，李餅有意迴避，似與邱慶之為舊識。

李餅假挾陳拾為人質，為明鏡堂指點迷津。明鏡堂眾人迅速領會並還原了妖貓案手法，證明此案實為人為。不料邱慶之以勾結疑犯為藉口強行接手了案子，而李餅此時也發現了嫌犯的蹤跡。

妖貓案隱藏真相呼之欲出，背後之人似乎位高權重。李餅與嫌犯僵持之際，邱慶之率金吾衛趕至圍剿犯人。李餅與陳拾攜線索被迫躲進孔明燈升上高空，而熱氣球上卻還有另一位不速之客。

李餅破獲妖貓案得聖人召見，被封少卿，重回大理寺掌管明鏡堂。深夜，李餅以白貓形態潛入金吾衛尋找線索，被邱慶之打傷，在回府途中被陳拾撞破了身份。

陳拾做為李餅的隨身書吏留在了大理寺。李餅上任請明鏡堂眾人述職，卻發現王七急功近利、刻意隱瞞了不少小案，李餅大怒。此時，員外郎妹來到大理寺前擊鼓鳴冤。李餅命明鏡堂眾人重新覆核此案，根據辦案結果再決定幾人去留。

李餅根據在金吾衛得到的線索調查，誤入胡肆角鬥場，得一神秘面具，上面的字似與自己身份之謎有關。明鏡堂眾人重查員外郎案卻遲遲沒有進展：證據、證人、證詞俱全，員外郎妹卻似乎還有隱情。

李餅根據神秘面具得到關鍵人物資訊。復盤員外郎案覆核結果時，李餅發現仍有疑點，便親自帶人前往刑部要卷宗重查此案。弄清作案手法後，幾人意識到員外郎妹有危險，遂急忙趕回大理寺。

案件剛有眉目，嫌犯卻身死獄中，兇手留下資訊，而邱慶之似乎也暗中參與。跟隨線索追查，一枝花終於現身，城門前，李餅與一枝花大打出手，手握眾多秘密的一枝花，有目的地步步緊逼，二人打得不可開交之時，邱慶之趕到了。

一對自稱少卿父母的中年夫妻來到大理寺探親，明鏡堂眾人發覺二人實為王七父母，於是趕忙攔下，將兩人帶到了王七暫居的阿里巴巴私宅。李餅進宮面聖，參加聖壽節宮宴，一個帶面具的儺戲戲子引起了大家的注意。

大理寺中，王七將錯就錯，扮少卿攜父母夜遊。陳拾尋哥考編兩手抓，求卦得坎。聖壽節宮中，出演儺戲的神秘面具男子表面遊戲，實則與李餅暗暗交手。此時，碼頭龍王廟突發的命案引起了大家的關注。

碼頭旁的龍王像中發現一具死狀奇特的屍體，明鏡堂眾人趕往案發現場勘察，問案卻屢屢碰壁。關鍵線索被人塗抹，而李餅敏銳地察覺到了掩蓋之人，追捕之時，陳拾被其挾持，李餅只好任其逃走，但李餅並未真的丟掉此人蹤跡。

明鏡堂眾人喬裝易容混入貨場，卻被賊人抓住。危急之時，接應的船隻也被砍斷纜繩，李餅等人無法前往營救。另一邊，辦案受挫、心神不寧的陳拾突然收到了陳九的來信，於是決定離開大理寺。

陳拾尋哥遇險卻意外得知案件隱情和重要線索，同時，李餅從胡姬處得知了神藥的存在。經歷一系列波折後，陳拾決定留在大理寺。而上官檎卻與父親起了爭執，不歡而散。

李餅帶陳拾幾經探查，發現死者所服丹藥與長生神藥的關係，和胡姬的查案動機。明鏡堂其餘眾人根據線索分頭調查，發現死者在家中處境說法不一。調查過程中又生新凶案，死者的身份也有所關聯。

命案結案後卻又出新疑團。琴底的五石散成了讓真凶現身的誘餌，案件背後的真相引得眾人唏噓。李餅察覺到，他回歸大理寺後一路經手的案子，都隱約有著某種聯繫。陳拾聽聞了煞鬼傳說，李餅處處倒楣被大家懷疑和崔倍有關，一向正經的崔倍卻也突然變得行蹤鬼祟、難以捉摸。

清明當日，明鏡堂一行人發現崔倍不見了。原來他怕時運不佳會影響他人進山躲煞。眾人愧疚之時，得知崔倍所在的山中進了一名逃犯。而此時，崔倍被困於「災星」的心結中，未察覺自己身陷險境。

崔倍頭頂烏雲散去，終與自己和解。李餅發現胡姬失蹤，而現場有邱慶之的痕跡。李餅尋到邱慶之，巧合之下與他合捉了一名逃犯，二人默契十足，不由得想起共同成長的往日時光。

明鏡堂眾人四處尋訪，終於找到了被虐殺的竊賊，所偷之物的失主。審問時，孫豹卻和失主大打出手，牽扯出往日恩怨。孫豹稱要去找人，便獨自離開。調查中，金吾衛與刑部紛紛介入，孫豹被刑部帶走入獄......眾多線索表明，三年前的國戰另有隱情。

孫豹越獄卻遭到神秘人襲擊。李餅暗找邱慶之聯手捉凶，二人共同分析此案，國戰黃沙峪之謎再被提及。幾日後，一首奇怪的童謠在孩童間傳開。去集市買鹽的陳拾再遇凶案，鹽堆中發現一具年輕女屍。

兩名婦人相繼遭遇殺害，死狀相似，而兩年前也發生過類似懸案。隨著調查的深入，眾人發現人口交易的背後藏著更大陰謀，似乎還和神藥有關。為找出真相，王七喬裝成女子，同李餅一起進入青樓查找線索。

李餅率領明鏡堂順著線索衣物追蹤，尋得疑犯。李餅與其對峙中，不慎沾上鮮血化身貓面人身。不料對方反應異常詭異，而屋內簾後，竟有一尊貓頭人身的神像。街上那首流傳童謠內容不斷被應驗，雨夜中，李餅再次潛入金吾衛。

李餅復盤所經之案是有人刻意引導，「貓」似乎也成為了一系列案件和李餅身份的關鍵。因新命案線索指向城外，李餅便攜陳拾以回鄉掃墓為由，暗自沿兇手所留線索調查。途中，二人在一破敗驛站遇襲，殺手劍指李餅，陳拾挺身而出。

擺脫殺手後，李餅陳拾沿線索來到一艘廢船，尋得一系列死囚名牌。李餅沿線索回到自家老宅，發現一紙留書，上有關鍵資訊，分析之時，邱慶之闖來阻攔，同一時間，明鏡堂眾人也被來仲書帶人圍住。

關鍵人物資訊不斷出現，三年前李府遇刺的真相眼看著浮出水面，此時，當年的兇手黑羅刹突然現身李宅，欲射殺李餅，邱慶之及時趕到替李餅擋箭。兇手刻意留下線索，曾經被救之人再度被捲入此案。

一案未破，一案又起，黑羅刹刻意留下線索，連環殺人，曾經被救之人連連遇險，明鏡堂眾人屢遭打擊。最新資訊指向員外郎妹，部屬誘敵之際，不想孫豹帶來消息，陳拾失蹤了。同時，上官檎也發現了父親不可告人的秘密。

阿里巴巴潛入上官府幫上官檎脫身，胡四暗中協助，前往護送，不料半路遇襲......李餅根據血跡找到陳拾所在之處，與黑羅刹正面交鋒，背後神秘勢力被牽扯出來，李餅也得知了父死真相。

李餅被剝奪處事之權，來仲書入主大理寺成為新少卿。陳拾因黑羅刹之事意志消沉。明鏡堂眾人不平，報復來仲書洩憤。來仲書以此刁難，李餅被迫將明鏡堂眾人連陳拾全部逐出大理寺。陳拾等人離開神都，神秘圖案線索再度出現。

皇宮出現「妖貓」，聖上震怒，責令來仲書查明，並有意召李餅重回大理寺。來仲書感受到危機，下令暗殺明鏡堂眾人，並偷走邱慶之的信物，私闖秘地尋求神秘靠山。

李餅死裡逃生，以貓身被明鏡堂幾人救下。眾人躲藏在破廟中，看到李餅的貓身，此前諸多疑惑解開。李餅因中邱慶之的箭倒下，昏迷中，他不斷回想著與邱慶之共度的年少時光。

金吾衛探子來襲，明鏡堂眾人發現全員被通緝，只得立即轉移，尋得喜轎鋪藏身。為查明同黨，李餅救下險些被滅口的上官璉，得知了國戰真相和父親的死因。為找一枝花，解開國戰謎團，明鏡堂全員出動，共尋真相。

王七等四人永安閣尋遺寶被發現，除了孫豹全員被抓，李餅引蛇出洞，一枝花落入陳拾設好的陷阱，兩人身份秘密解開時，邱慶之帶永安閣趕來。明鏡堂全員和一枝花均被永安閣控制，而三年前國戰中，邱慶之與一枝花的故事也浮出水面。

明鏡堂眾人臨刑被救，出逃時，他們發現此處就是當初囚禁一枝花與杜子虛的死牢。眾人在死牢中尋找出路，發現李餅也被囚在此，沒想到李餅卻化為貓形逃離眾人。神都，邱慶之面聖，逼迫聖上舉行祥瑞大典，令永安閣諸老出山。

眾人乘孔明燈飛回神都，藏身廢棄戲場。李餅找邱慶之奪回匕首，其餘人則扮做永安閣元老入宮保護聖上。眾人依計行事，孰料李餅當街攔下邱慶之時異變陡生，兩人遭遇埋伏。永安閣老率兵逼聖起駕，模糊的身世、家仇、懸案，在李餅、邱慶之與一枝花的對峙中漸漸清晰。

李餅與虎豹二人暫時降服了一枝花，來仲書突然現身，明鏡堂眾人與一枝花均被永安閣所擒，只餘陳拾一人面對天羅地網。危機之下，陳拾攜眾百姓前往牢城營救。