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第1話【獅郎與尤莉】，隨著人工虛無界之門完全開啟，物質界因為許多人類變得能看見惡魔而陷入混亂。而這個時候，雪男更離開了正十字騎士團轉並投身啓明結社。決心要知道自己和雪男的出生之謎的燐，在梅菲斯特的協助下踏上回到40年前的過去的旅程。燐即將見到的，是在廢棄工廠生活、無父無母的尤莉，與身為十三號區實驗體的獅郎之間的邂逅。

第2話【真相】，因為大火而失去家人、無家可歸的尤莉，與逃出十三號區的獅郎相遇了。獅郎被追趕他的驅魔師們帶回去後，對梅菲斯特提出了某項要求。另一方面，尤莉因為能看見惡魔而被帶往驅魔師的培訓學校亞撒拉姆收容。燐在見證兩人成長的同時，也將目睹亞撒拉姆和十三號區的真相。

第3話【孤單一人】，獅郎認為驅除惡魔是身為驅魔師的職責，但尤莉則認為幫助人們才是驅魔師的職責所在，並主張也應該與惡魔建立起友好關係。獅郎對尤莉的理念感到惱怒，兩人因此對立。獅郎在離開亞撒拉姆獨自一人生活後享受著自由的生活。但注視著這一切的尤莉卻顯得憂心忡忡。然後，兩人又因為某次任務而再度對立……。

第4話【撒旦覺醒】，九年轉眼間就過去了。這段時間讓獅郎和尤莉，以及里克等人累積了種種經驗、使他們成長茁壯。另一方面，第十三號區仍在持續進行著聖靈藥的實驗。亞麥依蒙雖然成功找到了新的附身體，但路西斐爾卻始終沒等到適合自己的附身體。痛苦使得他對物質的執著變得愈發強烈。然而過程中，一種可謂「森羅萬象本身」的存在成功附身在某個實驗體身上......。

第5話【比身體更重要的東西】，燐火在獲得肉體後以驚人的速度吸收知識，並了解到自己的存在正是魔神・撒旦。面對行使力量、想讓一切都隨己所欲的撒旦，尤莉雖然試圖說服撒旦，但卻被他拒絕，並隨即離開了十三號區。由於附身體若沒有聖靈藥很難維持肉體，騎士團推測他的身體毀壞也只是時間早晚的問題。另一方面，尤莉則暗自下了某個決定。

第6話【如果沒有我在】，尤莉前往在十三號區閉門據守的撒旦身邊。撒旦接受了尤莉，並選擇和她一起活下去後，為了和她一起生活決定捨棄十三號區，並對部下發出了撤退的宣言。尤莉在準備離開的過程中與任職於十三號區的潔妮重逢。潔妮得知了撒旦和尤莉的逃脫計畫後，打算解放設施內被當成實驗體的孩子們……。

第7話【前夜】，剛出生的燐渾身纏繞著青色的火焰，不斷襲擊周遭的驅魔師。眼前的景象使燐的內心產生極大的動搖，身體差點被惡魔的人格奪走，梅菲斯特這時將他送至某個地方。另一方面，離開騎士團的雪男和志摩一起來到了啓明結社的空中要塞「境界之主」，並在幹部藤堂譽的帶領下與路西斐爾見面。在同一時刻，賢座廳的職員們前來造訪詩繪美。

第8話【青色之夜】，突然出現在眼前的燐重新讓詩繪美打起了精神。而燐也因為詩繪美的聲音找回自我。他為了見證一切而再度回到過去。在過去，撒旦隨著附身體的持續劣化開始崩壞，進而失控。然後，「青色之夜」終於開始了——。世界各地優秀的聖職者們身體紛紛燃起了青色的火焰。對此，京都由明陀宗，梵蒂岡由三賢者，日本分部則是由聖騎士和獅郎進行對抗。

第9話【死鬥】，獅郎用降魔劍成功封印了燐的惡魔心臟。燐的惡魔本性從此分離，並回到了尤莉的懷中。然而眾人才安心沒多久，聖騎士亞貝爾的身體就被撒旦強制附身了。撒旦對尤莉的思慕轉變為偏執，如今尤莉的話語已傳不進他心中。情緒爆發的撒旦企圖奪走獅郎的身體。而獅郎為了防止撒旦的附身，做出了某項大膽的行動……。

第10話【光】，擊退撒旦後，獅郎和尤莉從騎士團手中逃走。然而尤莉卻因為體力消耗過度，在對燐和雪男留下最後的話語後便從此離開人世。有如要對內心充滿自責、失去了活下去的力量的獅郎落井下石般，惡魔對他發動了襲擊。另一方面，隨著撒旦從物質界消失，路西斐爾對附身體研究的未來感到絕望，失控的他決定讓一切回歸虛無，而梅菲斯特和榭米哈薩則試圖加以阻止。

第11話【約定】，獅郎找回了活下去的動力，並帶著燐和雪男回到日本分部。鑑於梅菲斯特計畫培育撒旦之子，獅郎原本打算將這對雙胞胎交給他，然而梅菲斯特這時卻提出了他過去與獅郎之間的某項「約定」。然後，梅菲斯特面對在失去附身體後回到虛無界的撒旦，提出了要求撒旦停止危害人類的要求，然而重新取回力量的路西斐爾卻在這時現身了……。

第12話【謝謝】，獅郎回想起尤莉說過的話，於是拜託三角和長友等人，並開始在修道院養育燐和雪男。他引導因為看見惡魔而變得膽怯的雪男走向成為驅魔師的這條路，並指引無法控制自己力量的燐學習做料理，告訴他要將力量用在溫柔的事物上。很快的，兩人成為了國中生，而一直被撒旦監視著的獅郎聽見撒旦的聲音的次數也日與劇增。然後，命運的那天漸漸接近……。