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第185集【二十年後的殺機、交響樂號連續殺人事件（四之一）】，在小蘭堅持參加報上一項可以免費參加前往小笠原的海豚之旅的趣味徵答之下，最後終於搭上了前往小笠原的輪船，免費招待的名額除了柯南以外一共有十位，眾人上了船後才知道20年前爆發強盜殺人案的主謀達才三也在船上，於是前刑警鮫崎與毛利便展開地毯式的搜索...希望能將他找出來。

第186集【二十年後的殺機、交響樂號連續殺人事件（四之二）】，就在眾人都在休息室裡玩牌喝飲料的時候，20年前的強盜殺人案的法律追訴期也在此時過去，但是眾人卻聽到一聲突然的槍響，衝至甲板時發現船桅上的旗子著火，放置急救救生梯的箱子也冒著熊熊火焰，箱子裡還有具焦屍，燒得面目全非難以辨識，兇手到底是誰？目的何在？那具焦屍又是誰呢？謎團尚未解開之際，服部平次又被兇手打落海裡...

第187集【二十年後的殺機、交響樂號連續殺人事件（四之三）】，繼服部平次失蹤後，鯨井也跟著受了槍傷，而蟹江則是舉槍自盡，但是一切仍然沒有得到結果，在柯南重新堪驗過屍體，並在船上人員的協助之下檢查過海老名的房間後，終於將一切理出了頭緒，案子眼看就可以破了。

第188集【二十年後的殺機、交響樂號連續殺人事件（四之四）】，柯南將事情從頭到尾想過，綜合船上各處留下的證據，與阿笠博士打來電話告知服部平次被兇手推落海裡遇救一事之後，果然將整件案子整理出頭緒，撥亂反正，將團團的迷霧撥開，揭發了事實的真相，兇手其實就是設計一切誣陷蟹江是兇手的...

第189集【慘遭四次殺害的男子】，小宮山泰司是一位著名的男演員，卻在三天前遇害，被發現陳屍在舞台後台的休息室中，問題是竟然突然冒出三個人自稱自己就是兇手，他們既非共犯，為何要堅稱自己殺了人呢？兇手到底是誰？小宮山又做了什麼事引起這般人神共憤？

第190集【與黑暗組織再次重逢，灰原篇】，灰原篇灰原幾度因為夢到自己被黑暗組織的金恩找到，槍殺身亡而嚇醒，一天竟然真的在路上看到了金恩和沃克，柯南藉由竊聽器得知組織計劃在戶杯飯店暗殺某人，為了阻止此事也為了調查將他們身體縮小的毒藥，柯南與灰原一起進入追悼會場，沒想到憾事仍然發生了...

第191集【與黑暗組織再次重逢，柯南篇】，柯南篇吞口議員死於美術燈下，柯南雖掌握了兩樣證物，但仍不足以揪出兇手，就在兩人想要暫時離開會場時，兇手“匹斯可”撇見了灰原，從組織的資料中調到她的長相，便將她囚禁在一酒窖中，灰原趁機將有關APTX藥物的資料存入阿笠博士的MO磁片中，希望新一能在事後去拿...誰知金恩在此時趕到...

第192集【與黑暗組織再次重逢，解決篇】，解決篇灰原照著柯南的指示喝下了從酒窖裡找出來的“白乾兒”後，從組織裡調了APTX的資料存入阿笠博士的MO中，身體變起了變化，竟然在短時間內恢復了大人的形貌，也終於得已爬出煙囪，誰知等在上面的是金恩；就在灰原好不容易脫離毒手後，卻又碰到黃雀在後，兇手“匹斯可”出現...

第193集【卡車直衝咖啡店事件】，大原一雄是一企劃公司的社長，多年來提拔公司內的設計師：相田恩情不小，但相田見公司沒有發展，意欲跳槽，還想領取公司的退職金，大原一時心有不甘，便設下謀殺陷阱，引著相田跳進去，最後死於被快遞貨車撞死的假象之下...

第194集【紅色殺機夢幻曲（上）】，加那娛樂集團的會長為了與知名民謠歌手杰拉爾．天馬訂訂契約，特別於自家安排了宴會，宴會日期決定後，他的夫人美放卻陸續受到騷擾，便邀毛利先生到府餐會，誰知歹徒就在此時攻擊美放夫人，歹徒到底是誰？他的目的何在？

第195集【紅色殺機夢幻曲（下）】，在天馬先生遇害之後，眾人都懷疑善則先生的動機，在目暮警官詢問眾人口供之際，柯南首先找出了案發現場各處的端倪，利用麻醉槍將毛利叔叔迷昏，便開始進行破案的推理，沒想到真兇竟然是...

第196集【九道門大搜索】，一天柯南一行人走在路上，空中突然掉下兩個S型掛勾和一枚戒指，在光彥等人的好奇心之下，決定上旁邊的大樓一探究竟，沒想到在眾人逐一釐清謎團之後，竟然真的阻止了一件慘劇的發生，即時救出被囚禁的上原美里太太。

第197集【危險的食譜】，柯南與元太一行人在百貨公司裡玩累時，坐在椅子上玩起菜單推理的遊戲，竟然發現有個人買了具有強烈毒性的“克羅尼”，便循線追查，發現一個名叫村上，年紀20許的年輕人竟然將他買來的材料作成了鼴鼠丸子，想要拿去毒害...

第198集【詛咒假面的冷笑（上）】，毛利先生受到前歌手現任“艷紅宣傳公司”社長的蘇芳女士之邀參加宴會，在帶著小蘭，柯南一起赴會時，半路檢到一封恐嚇信；進入蘇芳女士宅邸後，又被邸內怪異的慣例和規矩所震懾，誰知當天晚上“蕭布爾的假面”竟然就詛咒性的害死了蘇芳女士，究竟真是詛咒作祟，亦或是另有兇手？兇手又是如何在密室狀態下行兇的？

第199集【詛咒假面的冷笑（下）】，就在眾人一直困在密室殺人案的迷團裡面，甚至認為兇嫌應該是住在西廂房裡的五個人時，柯南突然想起一個人說的一句話，也正因此將一切的疑竇都連了起來，在柯南的推理下，終於指出真兇就是……

第200集【名偵探遇害記（上）】，毛利帶著女兒、柯南到一山莊度假巧遇飾演電視連續劇中名偵探的的超人氣偶像：砂岡和義、卻在短短的晚餐時間發現來自演藝界的這一行人中暗潮洶湧，最後砂岡竟然遭人射殺，兇手竟然是從對面懸崖上開的槍、從時間上來看、山莊內的人都有不在場證明、兇手到底是誰？柯南又該如何破案呢？

第201集【名偵探遇害記（下）】，新一認為兇手秏費工夫原因是要製造不在場証明，柯南觀察到散落的玻璃碎片正是破案關鍵，並找出了真正殺害砂岡的兇手。

第202集【黑暗中的神秘槍響】，毛利小五郎受到一電視節目製作公司社長之邀去保護她的母親，誰知一到她的住處不久，便發現她的母親勝江夫人額頭中彈一槍斃命，經過一番抽絲剝繭之下，赫然發現兇手竟是親生女兒：悅子小姐，她究竟為何殺人？動機何在？

第203集【生死一瞬間、偵探隊洞窟探險記】，阿笠博士帶著柯南，灰原一行人來到山上露營，誰知在撿拾柴火的過程中，光彥發現一鐘乳洞，眾人決定下去探險，卻意外發現一宗謀殺案，但此發現也使他們自己陷入危機之中，兇手三人不斷在洞窟內追逐，柯南又中彈流血過多，元太他們將如何脫逃呢？

第204集【生死一瞬間、名偵探負傷記】，元太三人在沒有柯南的幫助下終於順利解出“祥龍之路”的謎題，在阿笠博士和目暮警官的幫助下終於順利將柯南送到了醫院急救，還好一切沒有造成不可挽回的悲劇，誰知就在輸血時，柯南竟然發現小蘭已經知道他真實身份的事實，他該如何自處？他會將一切向小蘭全盤托出嗎？

第205集【生死一瞬間、第三個選擇】，柯南認為小蘭已經知道一切，原本想對她和盤托出的時候，灰原竟然用槍指著他，要他假設一切被黑暗組織知道的狀況下該如何應變，也讓柯南開始重新考慮；小蘭在學校的園遊會中參加話劇演出，誰知演出到一半，竟然有人中毒身亡，下毒的是誰？用的又是什麼手法？

第206集【生死一瞬間、黑衣騎士】，就在眾人都驚訝於鑑識的結果，並且將命案指向自殺案件的時候，黑衣騎士突然走了出來否定眾人，而這個黑衣騎士竟然就是睽違已久的工藤新一，在眾人瞠目結舌之下，新一順利的破解了凶手的犯案手法，誰知身體卻在此時發痛，難道他會當著大家的面前縮小嗎？

第207集【生死一瞬間、新一回來了】，小蘭一大早就跑到新一家去找他，因為她還不太能相信新一回來的事實，新一自己也無法從柯南的身分轉移過來，還時常會說錯話，至於柯南的角色只有由灰原暫時做替身，新一為了向小蘭表明心跡，特別請她上高級餐廳吃飯，誰知竟然又碰上了命案，新一被迫先去處理案子，但他究竟想對小蘭說什麼呢？

第208集【生死一瞬間、約會的地點】，新一雖然認定了兇手就是在遊樂器公司裡擔任經理職務的大場，卻仍有兩個疑點待決，在他聽到職員間無意間的言談後，終於掌握到證據，明白的表明認定大場就是兇手的原因，最後大場終於認罪，而新一卻在這個時候變回了柯南，小蘭還在等他，他該如何對她交代呢？

第209集【饒富意味的音樂盒（上）】，裕木春菜與緒方秋悟以叩機通信交友已有３年的時間，但自去年聖誕節相約見面對方未到，反而將音樂盒和叩機送給她後，便一直無法聯絡，春菜委託毛利終於找到了緒方家，誰知秋悟先生早已過世...

第210集【饒富意味的音樂盒（下）】，繼小蘭看到紙窗上老人晃過走廊的影子，緒方家的長子阿稔也被古箏打傷額頭，原來這一切都和過世不久的緒方老爺子，也就是春菜的叩機之友秋悟先生收藏的一組市價２億日圓的郵票有關，設下這一層層機關與迷團的人竟然是緒方太太...

第211集【看不見的凶器、小蘭的首次推理】，小蘭與園子在前往赤王子飯店的路上與開車昏睡的吉野千惠巧遇，小蘭意外的發現她看似體貼的老公遇到危險竟不告知自己的妻子，又得知千惠保了巨額保險，就此疑心大起，努力追查任何有可能危害千惠的原因...

第212集【超級跑車的陷阱（上）】，毛利小五郎因為抽中頭獎，獲得免費招待到霧峰飯店住宿，便帶著小蘭和柯南一起到飯店住宿，柯南在此看到許多難得一見的古董級名貴跑車，誰知這些跑車竟然牽扯到飯店社長和眾人之間的恩怨糾葛，最後社長竟然死在停車場中，這究竟是意外，還是他殺？

第213集【超級跑車的陷阱（下）】，霧峰飯店的寺泉社長陳屍在停車場的帝諾跑車駕駛座上，毛利本來認定這是宗意外，誰知車窗又沒有關好，就算燃料燃燒不完全，車內有廢氣排入，也不該將人毒死，此時警衛野田的一番證詞提供了柯南一條極大的線索，因為他在發現屍體前竟然看到同一車位上有另一輛車...

第214集【毛利小五郎涉嫌記（上）】，毛利帶著小蘭與柯南來到輕井澤的飯店度假，恰巧碰上與律師友人一同來此散心的分居老婆妃英理，誰知英理想將結婚紀念日的禮物送給毛利時，卻發現他涉嫌殺害同行的冰律師，英理要如何找出證據才能為自己老公脫罪呢？

第215集【毛利小五郎涉嫌記（下）】，身為毛利小五郎的妻子，妃英理這位大律師表示她不願為毛利做起訴前的辯護律師，原來是想留在犯罪現場調查線索，在與柯南一同抽絲剝繭之後，終於順利的設陷引出真正的兇手：佐久法史，他竟是為了冰律師之前負責的官司起了殺人的念頭...

第216集【第十位乘客（上）】，毛利帶著小蘭，柯南一行三人來到一個名叫影鍬村的地方，體會大自然的美好與搭乘老式發動機公車的樂趣，誰知就在搭車期間，車上一位乘客：影鍬村的副村長奧村竟然意外身亡，而且情況顯示是出於他殺，兇手是誰？影鍬村到底又隱藏了什麼樣的秘密？

第217集【第十位乘客（下）】，原來一連串的殺人案件都和影鍬村７年前那場公車的意外事故有關，當年的車掌小姐是目前經營駒井旅社的老闆娘：阿絹，再車上受到一名酒醉乘客手塚的騷擾，在其他人不願搭救的情況下，森次的先生仗義相救，卻因此引發意外，森次與手塚雙雙身亡，而塔子正是森次的女兒，為了替父報仇，她便...

第218集【黑色伊卡洛斯之翼（上）】，毛利與小蘭一行三人這次來到有森飯店度假、主要的目的是想收看當地重播沖野陽子的戲劇與美名在外的啤酒、隔天一同住店的幾位房客出外踏青的踏青、釣魚的釣魚、回飯店後卻發現女演員備前千鶴吊死在自己房內、她到底是自殺亦或他殺？

第219集【黑色伊卡洛斯之翼（下）】，女演員備前千鶴死亡現場的蛛絲馬跡經過判斷後全部指向一個事實：千鶴死於他殺、並非表象上的自殺後、水戶警官嚴密的詢問飯店內所有人的口供、最後還是由柯南觀察出端倪、直指兇手以及行兇手法、讓真凶：飯店經理真森光行坦承犯罪。

第220集【總局刑警戀愛物語３（上）】，18年前的這天是佐藤警官殉職的日子、高木警官一行人在與佐藤警官前往檢視縱火現場的路上、與佐藤警官一齊悼念已逝的佐藤正義警長、18年前那件名為“愁思郎”的案子便在柯南口中娓娓道來、而高木警官在偵辦縱火案的時候竟然得知18年前的搶匪是誰、卻也因此遭到毒手、他的性命會堪慮嗎？兇手又是何許人也？

第221集【總局刑警戀愛物語３（下）】，灰原在分析過去幾宗連續縱火案的地形圖之後赫然發現縱火犯是想在東京的地圖上以火烙下一個巨大的“火”字、而柯南在白鳥警官的提點之下、終於從品川車站的標示板得到了線索、將所有的迷團解開、佐藤警官也得以在法律追訴期之內讓當年的銀行搶匪繩之以法。

第222集【無與倫比的推理】，小蘭在將酒醉的毛利小五郎背回家的途中、忽然聽到一棟公寓上傳來爭執的聲音、毛利本想進屋制止卻遭到一老人阻止、誰知第二天重回原地竟發現昨晚一位爭執的青年：入江貴行死於他殺、兇手到底是他的宿舍好友中本博司還是中本口中傳聞以他們的研究報夠牟利的出村教授？

第223集【通往迷宮的入口,巨大神像的憤怒】，毛利小五郎應邀到天部山參加堂本觀光於天部山開發的空中纜車的開幕典禮、一到當地便發現反對該項觀光開發的聲浪極大、堂本社長自家人中又有不少內鬨、在開幕典禮當天的試乘中、堂本社長竟然離奇的從“理論上”封閉的纜車中出現在天女像的左手上、胸口插著一把刀...

第224集【巨大神像的憤怒】，堂本觀光的社長堂本榮造竟然從形同密室的空中纜車上消失，還被發現陳屍在天女像的手掌上，大家都非常驚異，但經過柯南仔細的推銷之與查證後，終於得知兇手原是過去曾因意外身亡的高鈿工人的妹妹：吉野綾花...

第225集【龍神山墜崖事件】，阿笠博士帶著柯南一行人到西多摩郡的龍神山去郊遊、誰知卻目擊一件墜崖意外、在警方的調查後發現、這竟是一件謀殺、光彥與元太、步美三人更大膽的靠著一張寫有暗號的紙條找到兇手住處、他們會有性命之虞嗎？

第226集【五彩傳說的水中豪宅（上）】，毛利受邀造訪茶道大師青野木亮藏的府邸，一開始就因為其中池塘的五彩變化所眩惑，後來又發縣脾氣古怪的大師與徒弟之間似乎有些糾葛，關於池塘的傳說更是支配著整棟屋子裡的人相處的關係，誰知大師在當天下午竟然被發現吊死在飲茶室內，兇手是誰？難道大師真的是自殺身亡？

第227集【五彩傳說的水中豪宅（下）】，兇手雖然用了幾近天衣無縫的手法達到行兇的目的，但在柯南的抽絲剝繭之下還是找到了證據，直指矢倉就是兇手，他竟為了茶道大師青野木亮藏要將大之之位讓給自己兒子，又要將他兩製造昂貴茶具仿冒品販賣的事公諸於是而引發殺機...

第228集【蘑菇、山熊與偵探隊（上）】，阿笠博士帶著柯南一行人到山上去採松蕈菇，誰知元太卻忘了叮嚀進入狩獵區採菇，害得柯南等四個小孩必須進去找他，此時灰原與光彥卻目擊到一個獵人殺人的畫面，於是這個獵人只有殺他們滅口，他們會有危險嗎？

第229集【蘑菇、山熊與偵探隊（下）】，柯南靠著灰原和光彥利用各種香菇留給他們的暗號了解到，灰原他們其實一直躲在暗處，而那三名獵人之中有一個就是殺了一個獵人的兇手，灰原原本計劃柯南以麻醉槍將兇手麻醉後便可出面與大家會合，誰知柯南並未這麼做...