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不相信神的高中生「上終瓜生」，因失去雙親而在孤兒院長大。某天，找到了願意收養他的家人。瓜生以考上京都大學醫學系為目標，本因有個能靜下來讀書的環境而高興，但沒想到收養他的居然是神社。而且，神社裡有「甘神夜重」、「甘神夕奈」、「甘神朝姬」，跟他年齡相仿既有個性又可愛的巫女們，要跟他同住一個屋簷下。瓜生被這突如其來跟巫女三姊妹的共同生活，掀起了各種大大小小的風波……。

正當瓜生和甘神三姊妹開始一起生活時，甘神神社的宮司千鳥說「總有一天你要跟三姊妹的其中一人結婚，繼承這座神社」後，情況就有所改變了。瓜生將來的夢想是成為醫生，對於突然要跟三姊妹結婚一事感到動搖與困惑。三姊妹中以夕奈為中心，想以用各種方式趕瓜生離開，執行名為「不動聲色趕人作戰」的作戰方式……。

經過各種曲折，瓜生和甘神三姊妹終於成為「一家人」，並同住在一個屋簷下。此時千鳥說「為了讓彼此更加了解，來舉辦相親吧」。瓜生並沒有打算繼承神社，因此對相親完全不感興趣，認為三姊妹跟自己一樣對相親非常消極。首先相親的對象是年紀最小的朝姬，沒想到她意外地積極，步步逼近瓜生……？

某天，名為「北白川巳右衛門」的人來拜訪甘神神社。其實北白川是神社的贊助人，因近年香客和收益都減少，打算賣掉神社。瓜生感受到三姊妹都想守住神社的心思，向北白川提出「若在例大祭時能聚集到5000人來參拜，就撤回賣掉神社的決定。」就這樣，瓜生和三姊妹為了守護神社，拼命思考如何聚集到5000位香客……。

因社群媒體宣傳作戰成功，以及得到商店街人們的協助，瓜生和三姊妹做萬全準備迎接例大祭當天，以守護神社。然而，事與願違，香客完全沒有增加，讓瓜生覺得事有蹊蹺……。此時，從朝姬口中得知，有個神似甘神神社的帳號謊稱例大祭停辦，而真正的神社帳號卻被凍結了……。

瓜生他們成功舉辦了例大祭，順利保住了神社。瓜生本想就此好好認真讀書，但他卻對在例大祭最後被夜重親的事情念念不忘，一直無法集中精神讀書。正當瓜生一個人悶頭思考著「為何夜重要親自己？」時，朝姬出現在他面前。朝姬自信滿滿地對瓜生說：「包在我身上，我會將夜重的心意暴露在陽光下。」其結果……？

瓜生某天夜晚，夢到他與三姊妹在嵐山徜徉在親密的氣氛內。醒來後，瓜生思考著夢境內容；至今夢過幾次預知夢，但為了避免影響自己讀書，瓜生決定盡力避開與夢境發生相同的事。另一方面，三姊妹因這次例大祭的關係增加了不少香客，為了有更良好的與香客對應方式，她們決定找位於嵐山月神神社的巫女師傅商量。