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第47話【歸來的Playmaker】，在Playmaker的活躍下，一切終於恢復了寧靜。然而漢諾騎士的計劃卻讓智能虛擬網域再度遭到毀滅性打擊。於是SOL科技公司公佈了重建智能虛擬網域的「新生智能虛擬網域」計劃。全世界的人們為重生的決鬥歡呼雀躍，再度恢復了生機。然而，在新生智能虛擬網域中，卻對拯救了網域的Playmaker發起了懸賞…。

第48話【裁決之矢】，草薙的弟弟．仁遭人襲擊，Playmaker追擊這個神秘人物，面臨決鬥挑戰。然而，神秘人使用的未知卡牌，讓Playmaker陷入苦戰。尋找勝機的Playmaker，從Ai手中獲得新卡牌，逆轉局勢！

第49話【身纏火焰的決鬥者】，Playmaker追蹤著奪走了仁的記憶，自稱波曼的決鬥者。然而，又有兩位決鬥者出現，阻止他的前進。就在這時，神秘的絕偶讀這Soulburner到來，代替Playmaker接受了決鬥。而Soulburner的決鬥盤裡，居然出現了伊格尼斯！？

第50話【轉校生 穗村尊】，轉校到遊作所在學校的穗村尊，其真實身份，是幫助了Playmaker的Soulburner。和遊作成為同學的他，對遊作道出了自己持有的伊格尼斯、電子界的崩壞，以及新的敵人的存在。

第51話【捨棄領袖之名的男人】，成為SOL科技公司賞金獵人的Go鬼塚，找到了正在被通緝的Playmaker和伊格尼斯Ai，要求進行決鬥。然而，Soulburner出現，為了保護Playmaker，接受了Go鬼塚的決鬥。

第52話【徒有其名的英雄】，Soulburner將Go鬼塚操縱的恐龍摔跤手卡組的猛攻，用轉生炎獸的效果挺了過去。面對急於證明自己是最強的Go鬼塚，Soulburner帶著絕不能輸的理由，手中逆轉的火焰熊熊燃燒！

第53話【賞金獵人血色牧羊人】，強制要求通緝犯Playmaker進行決鬥的賞金獵人．血色牧羊人。他預測了Playmaker的佈陣，用無人機卡組的組合，將Playmaker的戰略徹底封鎖。

第54話【令人戰慄的戰鬥無人機】，血色牧羊人對Playmaker的卡組可謂是調查得知無不盡。在他的無人機卡組面前，Playmaker束手無策。被無人機的追擊逼入絕境的Playmaker，為了突破血色牧羊人的作戰，開始實行一項秘密策略。

第55話【前往未知世界】，Playmaker和Soulburner來到荒涼的斷崖。在不可思議的力量下到達遺跡的兩人，開始了內部的調查。而Playmaker等人在遺跡深處，發現了意想不到的人物…。

第56話【初戰 藍色女孩】，接受風之伊格尼斯委託的Soulburner，和入侵風之領域的Blue Girl進行決鬥。遭受「淘氣仙星」的攻擊依然召喚出「轉生炎獸 熾熱多頭獅」發起攻勢的Soulburner。然而Blue Girl卻不攻擊「熾熱多頭獅」，而是使用克服了弱點的「淘氣仙星」新戰術對Soulburner步步緊逼。

第57話【雲端決戰】，終於找到波曼所在的Playmaker，為了奪回草薙仁的意識，發起決鬥。過去與波曼決鬥勝利過的Playmaker，一邊預測對手的戰術進行決鬥，但在波曼突飛猛進的決鬥水平下，Playmaker被逼入絕境…。波曼道出自己的過去。他的真實身份究竟是…。

第58話【偽造的靈魂】，在變化的波曼猛攻之下遭受巨大傷害的Playmaker，為了贏得勝利而重燃鬥志，要突破兇惡的「驅動大蛇」的佈陣。然而就在這時，波曼做出了意想不到的舉動…。

第59話【漢諾 再次出動】，在令「Den City」陷入恐慌的「不歸者」事件之後，被關入收容所的主謀之一「漢諾三騎士」的拜拉。在被森嚴監管的她面前，出現了一個男人…。

第60話【敗北的極限勇者】，調查Playmaker身份的別所愛瑪和財前葵，盯上了自稱Playmaker好友的島直樹。愛瑪變身為魅影嬌娃，向島的分身．極限勇者發出決鬥挑戰。

第61話【自黑暗而出的絕望】，收到草薙的聯絡，Playmaker和Soulburner前往新出現的大門。然而Soulburner卻因血色牧羊人設下的陷阱而被捕。血色牧羊人開始探索Soulburner不為人知的記憶…。

第62話【不祥的亡靈】，為了救出被捕的Soulburner，Playmaker與賞金獵人•劍持和鎧阪發起決鬥。另一邊，Soulburner由於血色牧羊人的陷阱，即將被揭開過去的秘密！在被看穿弱點的不利狀況下，Soulburner與血色牧羊人的決鬥開始了…。

第63話【重生之炎】，探索Soulburner的記憶，發現了其弱點的血色牧羊人，以「無人機」怪獸的兇惡組合佔據壓倒性優勢。Soulburner被逼入絕境。他能否克服弱點，在決鬥中獲勝呢…！？

第64話【轉折點】，有一天，遊作和尊欲前往草薙處，島中途出現，叫住遊作。尊只得一人前去，並詢問了草薙和遊作相遇的情況。草薙所道出的內容是…。

第65話【Playmaker的氣息】，被視作都市傳說的，在「智能虛擬網域」中沉眠的神秘迷宮。其中佈滿無數陷阱。而其終點又有什麼…。Playmaker誕生故事即將由草薙揭開！？

第66話【地之伊格尼斯 亞斯】，對網絡上的情報進行調查的Ai，發現了針對伊格尼斯的可疑評論。為了確認其真偽，Playmaker與Ai前往「智能虛擬網域」，在那裡居然遇見了地之伊格尼斯…。

第67話【寄宿於人工智能的愛慕】，從水之伊格尼斯處得知電子界世界危機的地之伊格尼斯，為了看清人類，向Playmaker提出決鬥。遭受「G石人」猛烈攻擊，身處絕境的Playmaker，將希望寄託於微小的可能性！

第68話【秘密集會】，Ai突然從決鬥盤中消失。得知其原因出自其他伊格尼斯，為了尋找Ai，Playmaker前往智能虛擬網域，並遭遇光之伊格尼斯。就在這時，Playmaker得知了光之伊格尼斯的目的，以及電子界世界崩壞的真相！

第69話【必須完成的使命】，為了殲滅伊格尼斯，左輪前往神風等人所在的地方。Playmaker為了阻止人類和伊格尼斯的爭端，欲說服左輪。然而對方並不理解，左輪和神風的決鬥就此開始…。

第70話【調律的子彈】，左輪以精妙的戰法逐漸逼近神風。在這場戰鬥中，神風露出了兇狠的一面。得知伊格尼斯意圖的左輪，為了完成父親鴻上博士的目的，以新的戰術向神風發起挑戰！

第71話【戰爭宣言】，人類和伊格尼斯，彼此共存，Playmaker的心願眼看無法實現，在左輪的襲擊下，敵對意識加強的光之伊格尼斯，對人類宣戰，為了讓伊格尼斯統治人類而開始行動。加入光之伊格尼斯陣營的波曼現身，為了完成伊格尼斯的使命，向Playmaker發起決鬥。

第72話【無瑕的極致】，完成驚人進化的波曼，施展了全新的「驅動大蛇」戰術。而Playmaker，則以至今為止和波曼的戰鬥預測其戰術，在Ai的建議下進行進攻。在極致的戰術分析中，二人的戰鬥不斷激化！

第73話【斬斷絕望的光刃】，激烈的攻防戰還在繼續，波曼發動技能「風暴連線」，獲得了新的「驅動大蛇」。Playmaker遭遇毀滅性打擊，陷入絕境。然而就在這時，Ai向Playmaker提出了事先準備好的秘策。為了度過危機，Playmaker向Ai提出的希望伸出手去！

第74話【被囚禁的伊格尼斯】，救出被囚困的水靈兒，大地從水靈兒處得知了電子界世界崩壞的真相。然而，Go鬼塚受命前來抓捕伊格尼斯，對大地和水靈兒發起攻擊。大地為了保護水靈兒，和Go鬼塚開始了決鬥。

第75話【心魔】，Playmaker來到大地他們的決鬥現場，發現Go鬼塚不同尋常的異樣。獲得了更加強大的戰術，Go鬼塚以「恐龍摔跤手」壓倒大地。雙方互不相讓的戰鬥中，Go鬼塚施展出意想不到的驚異戰法！

第76話【被喚醒的記憶】，對SOL科技公司的做法抱有疑問的葵，開始尋找失蹤的水靈兒。另一邊，得知水靈兒所在的血色牧羊人，為了抹殺伊格尼斯，向水靈兒發起攻擊。然而，魅影嬌娃的出現，阻擋了他的去路…。

第77話【水火不容的兄妹】，為了保護水靈兒，魅影嬌娃挺身阻止血色牧羊人。然而，追擊伊格尼斯被妨礙的血色牧羊人惱羞成怒，向魅影嬌娃提出，一旦敗北就要失去賬號的決鬥。另一邊，水靈兒將關於自己搭檔的真相，告訴了Blue Girl。

第78話【反骨的賞金獵人】，得知SOL科技公司隱藏的令人震驚的計劃，血色牧羊人離開財前，開始獨自搜索伊格尼斯。看中了血色牧羊人優秀的駭客能力，左輪找上門來，並提出並肩作戰，一同殲滅伊格尼斯的提議…。

第79話【光速的萊德寧】，戒備著左輪行動的雷光，向獨自搜索伊格尼斯的血色牧羊人發起決鬥挑戰。意圖全滅AI的血色牧羊人，施展了和以往不同的抽卡新戰術，力壓雷光！

第80話【賞金獵人的義務】，血色牧羊人壓制了雷光的戰術，佔領優勢，然而雷光卻逐一召喚出怪獸，迎擊他的無人機卡組。二人之間的鏖戰，進入了誰也無法預測的境地。血色牧羊人究竟能否阻止視人類為敵人的雷光呢！？

第81話【終於到達的巔峰】，調查雷光動向的Playmaker，在智能虛擬網域中找到了被SOL科技公司所困的大地的痕跡。Playmaker等人前往現場，卻遭遇與AI一體化的Go鬼塚。渴望扭曲的勝利而襲擊Playmaker的Go鬼塚，連接召喚出了令人驚愕的怪獸。

第82話【先於本能之物】，在完全變樣的Go鬼塚襲擊下總算是堅持下來的Playmaker，發動技能逆轉局面。然而，卻因Go鬼塚的“反技能”而導致無效。在絕境危機下Playmaker還有脫險的辦法嗎！？

第83話【非常規會議】，收到左輪想談談的聯絡後，Playmaker召集同伴前往指定場所。在那裡，左輪提出要和Playmaker等人一同戰鬥。然而在LOST事件中受到心靈創傷的Soulburner反對左輪加入，為了洩憤，向後者提出決鬥挑戰。

第84話【無法平息的過去】，Playmaker一行人被左輪提出一同戰鬥的邀請，然而憤怒不已的Soulburner卻要和左輪決鬥。對左輪憤怒不已的Soulburner用轉生炎獸發起兇猛的攻擊，另一邊，左輪卻做出了意想不到的舉動。

第85話【毫無虛假的眼淚】，進入了「鏡像智能虛擬網域」的Playmaker等人，趕往雷光處。另一邊，受雷光指示，哈爾前來阻擋Blue Maiden，開始了決鬥。

第86話【弱者之智】，雷光選中了下一個目標，幽靈，用天裝騎兵和裁決之矢製造的額外連接對幽靈步步緊逼。陷入絕望境地的幽靈，為了突破雷光的戰術，展現出令人驚愕的秘策。

第87話【連鎖破壞】，幽靈利用雷光的裁決之矢，成功突破額外連接，扭轉戰局。在被聖天樹顛覆的戰場上，幽靈為了達成漢諾騎士要消滅伊格尼斯的目標，向雷光發起衝擊！

第88話【復仇者溫迪】，復活的神風，在和左輪對決之前，為了完成雷光的作戰，襲擊Soulburner。面對因對人類的憎惡，力量增幅的神風的猛烈攻擊，Soulburner將如何應對？

第89話【雙火交疊】，神風的嵐斗機卡組襲來，將Soulburner逼入絕境。然而，Soulburner心中的火焰沒有被撲滅。神風知道了自己對搭檔下手的理由，憤然的Soulburner和不靈夢開始了意外的共同行動…。

第90話【次時代的創造主】，欲成為次世代伊格尼斯的波曼出現在Blue Maiden面前。水靈兒拒絕了波曼的石像，Blue Maiden則為了奪回美優的意識而發起決鬥。面對明明失去了哈爾也冷靜得詭異地繼續決鬥的波曼，Blue Maiden和水靈兒一起勇敢戰鬥。

第91話【自矜的少女】，根據迄今為止的戰鬥數據，獲得了更強大戰術的博慢慢，用進化了的驅動大蛇將Blue Maiden逼入絕境。然而她並沒有放棄，堅持與波曼對抗。懷抱絕不放棄的信念，Blue Maiden採取的戰術是…！？

第92話【巨大的試煉】，突然出現在Playmaker面前的敵人，居然是一同戰鬥至今的草薙翔一。他的弟弟·仁被雷光抓做人質，不得已必須戰鬥的草薙翔一向Playmaker發起決鬥。面對與好友的決鬥，Playmaker內心動搖不已…

第93話【立下的約定】，對Playmaker的卡組了如指掌的草薙翔一，為了保護弟弟仁，毫不留情地發起了攻擊。另一邊，無法對搭檔下手的Playmaker，HP所剩無幾。就在這時，草薙突然提起了之前二人定下的約定。

第94話【猛烈的靈魂】，為了保護在和草薙的戰鬥中昏迷的Playmaker，Soulburner開始和波曼的決鬥。Soulburner因雷光的不齒行徑十分憤怒，另一邊，波曼則露出詭異的笑容，向Soulburner訴說…。

第95話【不死鳥的光輝】，波曼大談特談自己獲得了超越人類智慧的力量，甚至能自由操縱運氣。另一邊Soulburner和不靈夢以火熱的羈絆為武器，用轉生炎獸將波曼逼入絕境。就在這時，不靈夢突然發生異變…

第96話【萊德寧之罪】，雷光在左輪的安排下前來，雷光犯下的罪過和創造出波曼的真正理由被揭開。至今冷靜沉著的雷光憤怒不已，發起了決鬥！！

第97話【伊格尼斯統合計劃】，根據各種伊格尼斯和人類的未來模擬實驗，左輪道出了僅有雷光的模擬實驗得出了人類與伊格尼斯會迎來毀滅未來的真相。他在決鬥中佔據優勢，召喚出了新的裝彈槍管龍。正打算決出勝負時，雷光使出了非人道的手段。

第98話【越線的人工智能】，雷光將草薙仁作為人質，令左輪動搖。然而，對其行為感到失望的波曼制止了雷光。作戰失敗的雷光，面對遍體鱗傷的左輪，道出了關於鴻上博士的衝擊真相…。兩人的壯闊決鬥終於要迎來終結！！

第99話【新世界之門】，Playmaker肩負了夥伴們的意志，面對吸收了伊格尼斯的波曼。然而，另一邊被關在智能虛擬網域的分身卻一個個神秘倒下。突然，波曼發動強大的數據風暴，召喚出驚人的連接怪獸！

第100話【扭曲的烏托邦】，波曼利用智能虛擬網域的人們的意識製造數據風暴，召喚出強力驅動大蛇怪獸，Playmaker束手無策。見此狀況，漢諾三騎士為了打開局面開始行動....

第101話【毫不猶豫的本能】，波曼為了製造數據風暴，利用人類意識啟動神經元連接。漢諾三騎士和財前·魅影嬌娃拼上性命齊心協力將其破壞。然而，神經元連接立刻開始了復原，Playmaker陷入更深的絕望局面。就在這時，Ai開始了危險的賭局！！

第102話【被託付的願望】，破壞了神經元連接的一部分，入侵了波曼程序的Ai，找到被完全吸收的5位伊格尼斯。逃出程序的Ai，將其他伊格尼斯留下的最後希望託付給Playmaker。與波曼的決鬥終於進入最後階段，人類與Ai的未來究竟會是…。

第103話【邁向終結的旅途】，賭上世界的命運與波曼一戰的Playmaker，因夥伴們意識恢復而放下心來。然而，在戰鬥中耗盡全力的Ai，以及被波曼吸收的伊格尼斯們並未回歸…。