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第1話【開戰的狼煙】，集結到空中艦〈佛拉克西納斯〉艦橋的琴里與十香等人，得知狂三已經回溯時間並拯救了士道204次一事。另外，為了知道崇宮澪究竟是什麼人，士道決定探索自己的記憶……。

第2話【最後的休息】，即將與DEM開戰前，〈佛拉克西納斯〉的船員們忙亂而士氣高昂地準備迎戰。為了幫士道及其他人加油，精靈們全心投入製作慰問品。決戰時刻正一秒一秒逼近……。

第3話【精靈的復活】，士道等人與拉塔托斯克跟DEM展開全面對決。狂三與其分身，還有日下部燎子率領的AST也加入戰局，就在場面越來越激烈之際，士道對上了擬似精靈〈妮貝可〉大軍。

第4話【初始精靈】，某天在某個地方，崇宮真士遭遇了空間震，並在事發現場遇見一名女孩。真士為這個幾乎不記得自己一切的女孩取名為澪，讓她與自己跟妹妹真那在同個屋簷下一起生活。

第5話【零之母】，面對突然現身的少女，士道想起許多事情。少女名為崇宮澪，是士道曾經身為崇宮真士時，彼此交心的對象。此時，〈佛拉克西納斯〉的琴里等人也得知了令音的真實身分，現場一片譁然。

第6話【三位魔術師】，士道急忙趕往十香等人的身邊，此時威斯考特出現在他的面前。另一方面，十香等人面對澪顯現出的天使〈萬象聖堂（Ain Soph Aur）〉的恐怖力量束手無策，逐漸被逼入絕境……

第7話【世界樹落葉】，在澪的萬象聖堂面前，精靈們一個個失去力量倒下。琴里指揮〈佛拉克西納斯〉接近澪，並發射精靈靈力砲〈永恆之槍〉……。

第8話【手觸扳機的是】，澪說出其他精靈都已死去的事實，士道因此感到錯愕。當他呆站在原地，即將被澪抹去身為士道的所有記憶時，僅存的最後一個精靈出現了。

第9話【第二次約會】，士道回到了與DEM展開決戰前，所有人都還存活的時間點。為了不重蹈覆轍，士道邀請澪=令音與他約會。從士道口中得知情況的琴里與其他精靈們決定協助兩人的約會。

第10話【不該存在的戰場】，士道帶令音去以前崇宮真士與澪約會時去過的海岸，令音的好感度也隨之變高，士道終於成功與她接吻。全程都在觀察的琴里等人，本來也確信這次約會即將成功……

第11話【短暫的樂園】，因為DEM陷入絕境的士道等人，被本來以為已經死去的狂三所救，但是這次換澪現身了。士道為了拯救執著於真士的澪，想到某個方法。

第12話【然後她的選擇是】，威斯考特趁著士道對澪表達心意時，發動了可怕的術式。究竟士道與十香等人能否阻止他的企圖呢......？