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大辰朝皇宮內院，皇帝蕭錦昀正在御書房愁容滿面，邊關告急，武將紛紛奏報要求增兵加糧，而國庫空虛，皇帝也拿不出錢來。總管太監為解皇帝煩憂，特意提出選秀一事，希望博得皇帝一笑。這讓蕭皇帝想起了他那個舞刀弄棒的皇后徐鈺，更添一場惆悵。此刻皇后徐鈺正在鳳儀宮內練劍，蕭錦昀前來，氣惱她絲毫沒有皇后的樣子，忍不住和徐鈺爭執了幾句，哪想兩人腳下一腳，落入荷塘中。此時正值天象有異，蕭錦昀和徐鈺居然就在池塘中互換了身體。從此，皇后成了皇帝，皇帝變成了皇后。

徐鈺第一天上朝就徹底體驗到了做皇帝有多不容易。滿朝文武吵個不停，倒是都對徐家共仇敵愾。徐鈺不知該怎麼化解兩邊的矛盾，只好按照蕭錦昀教的辦法讓大家上摺子來，大臣們雖然不吵了，可山一樣的摺子徹底把徐鈺壓垮了。前朝不寧靜，後宮也不太平。因為這兩天皇帝都和皇后在一起，引起了後宮嬪妃的妒忌，貴妃在太后面前挑撥，認為皇后迷惑皇帝，是要給徐家爭寵。太后本就不喜皇后，著意訓斥。此時己經是皇后身的蕭錦昀也體會到了之前徐鈺被後宮團欺的糟心感受。

為了從三皇叔手中贏回蕭錦明輸掉的八千兩黃金，徐鈺決定和三皇叔比射箭。蕭錦明可不信自幼飽讀詩書的皇帝哥哥能夠在箭法上贏過三皇叔，還以為他是在和皇后日常較量中被打壞了頭。 蕭錦昀怕徐鈺在三皇叔面前露出馬腳，只能集中培訓徐鈺要她舉手投足都模仿自己。徐鈺不想諾大一筆黃金就白白送人，也盡力學習。三皇叔沒把皇帝放在眼裡，因為知道皇帝向來不喜騎射。但沒想到眼前的皇帝是徐鈺，她可是百步穿楊的神射手。徐鈺搭弓射箭，三皇叔只能甘拜下風。皇帝三個月時間跟著皇后學習，就有如此進步，讓三皇叔心存疑惑。

後宮嬪妃們開始想辦法在皇后手中奪回皇帝的寵愛，徐鈺見狀暗笑，索性體驗一把當皇帝擁有三宮六院的爽感，帶著眾嬪妃吃喝宴飲，不亦樂乎。蕭錦昀則頂著皇后的身子幹著皇帝的活，在鳳儀宮裡批示奏章忙的辛苦。徐鈺醉酒回來，意圖對蕭錦昀表白，可頭暈腦脹中她表白的話語並沒有說完整，只給了蕭錦昀一個大大的問號。

徐鈺正在照顧第一次體驗大姨媽痛的蕭錦昀，貴妃等人也策劃好了針對皇后不會看賬冊的的陷阱，哪想到現在的皇后可是蕭錦昀，一眼就看出了帳目有問題， 決定追究到底。徐鈺在朝堂上也是不得安寧，丞相和將軍為了軍費一事又在爭執。徐鈺當機立斷，給戍邊將士撥款做棉衣。因此讓三皇叔等人心懷不滿。

李美人早產，誕下死胎。太后震怒，要懲罰皇后。蕭錦昀為了幫皇后洗刷冤屈，封鎖美人宮，並宣召太醫院姜院正即刻入宮進行診斷。姜院正檢查藥渣，發現藥渣中含有墜胎藥，並診出李美人腹中胎兒己經死亡多日。蕭錦昀確定李美人隱瞞至今就是為了陷害皇后。因證據確鑿，太后知道自己委屈了皇后，加上近來帝后相處融洽，互相幫扶，她對皇后的態度也緩和了些。

蕭錦昀以皇后身體榮歸徐府，探望受傷的大哥徐鈞。徐鈞不顧自己傷情，關心皇后在宮中的處境，還把特意帶回來的玩偶送給皇后妹妹。蕭錦昀還沒來得及表示感動感激，又被沖進來的徐家二哥徐錚拉出去比武，這是兄妹倆的日常遊戲，但換成了不會武功的蕭錦昀就難免尷尬。蕭錦昀擔心露餡，只好謊稱自己己經有了龍胎。

徐鈺打跑了刺客，擔心蕭錦昀的安全，趕到皇后營帳護衛，此時刺客己經抓住了蕭錦昀。徐鈺表示願意用自己來替換皇后。蕭錦昀沒想到徐鈺居然會用生命來保護自己，感激之餘爆發了潛質，將日前看到的徐鈺的武打動作如法炮製，兩人合力將刺客制服。蕭錦昀叫來徐家二哥徐錚，帶走刺客，設下計謀。

蕭錦明查出刺客幕後指使者不光是雲陽伯，還有鎮北侯。而他們的目的是刺殺皇帝。現在皇帝沒有子嗣，一旦駕崩，就要在皇族中尋找繼位者。蕭錦明無心染指寶座，而皇族中最有野心的莫過三皇叔。徐鈺和蕭錦昀知道事關國本，要有切實證據，否則會引發國家動盪，命蕭錦明繼續調查，並盯緊城北大營，以防萬 。蕭錦明不想幹活，但比起陪太后去佛寺，看起來查案更加好玩。

李美人的死震動了後宮，貴妃誣陷皇后武功高強，殺害李美人。蕭錦昀勘破圈套，未說明李美人是自戕，只說李美人意圖刺殺皇后。徐鈺和蕭錦昀通過起居注發現李美人是陶捷妤的婢女，而陶婕妤則是鎮北侯的侄女，這樣串聯起來，猜測李美人自戕陷害皇后，應該也與鎮北侯有關。

經國師驗定，布偶身上浸透了陽符水，目的就是在皇帝和皇后同房時，讓皇帝突然身亡並嫁禍給皇后。至於布偶如何到了池塘，則是徐鈺在一次同蕭錦昀爭吵後，跑去練劍撞到宮女，無意間掉入的。池塘為陰加上布偶身上的陽符水，就組成了一個陰陽轉換的陣法，徐鈺和蕭錦昀同時落入池塘，才會互換了身體。

蕭錦明在徐家二少爺徐錚的幫助下，突破了鎮北侯府，搜查鎮北侯府。找出鎮北侯和三皇叔勾連的書信，以及鎮北侯夫人在城外寺廟佈施的香火錢證據，查明貴妃手中的陽符水，的確為陶婕妤奉上。徐鈺和蕭錦昀審問陶婕妤，追宄背後主使。但陶婕妤只承認是自己所為，不肯牽連其他人。為了讓陶婕妤開口，徐鈺和蕭錦昀設計宣稱處死了陶婕妤，那些被陶婕妤用性命維護的家人，為自保，居然不肯來收屍，陶婕妤悲痛欲絕，卻依舊不願供出幕後黑手。徐鈺和蕭錦昀雖然己經知道事情和鎮北侯、三皇叔有關，卻苦於沒有證據。

徐鈺刻意和蕭錦昀保持距離，蕭錦昀知道徐鈺誤解了自己，耐心解釋，還把徐家大哥送來的羊駝放在徐鈺枕邊，希望能哄徐鈺開心。徐鈺再次誤解蕭錦昀是有意提醒自己娘家父兄都在朝為官，任性妄為只會牽連家人。蕭錦昀見暗示沒用，只好明確表白他對徐鈺的心意。徐鈺知道了是自己多心，兩人情感剛要回暖，又被沖進來的太監總管打斷。

太后要在賞菊宴上替錦明相看正妻，文臣武將家的小姐們彙聚一堂，蕭錦昀抓錦明去出席賞菊宴，各家小姐都極喜愛錦明，可惜都沒能入了錦明的眼。徐鈺和蕭錦昀要商量邊關戰事先行告退，蕭錦明忙跟在後面，找了藉口開溜。徐鈺告知蕭錦昀韃靼和蠻子聯手攻擊西北軍，提議御駕親征。蕭錦昀本不同意，無奈武將凋敝，朝中確無更合適的人選，只好答應，還幫徐鈺打了小抄，要她在太后面前照本宣科，說服太后，並確定要蕭錦明留在朝中監國理政。同時，徐鈺告知太后要重用徐家，一定要善待皇后。

徐鈺出征途中，遇到韃靼偷襲，徐元帥帶兵救援，打敗了敵軍。徐鈺看著老父親一身戎裝，感動之餘更加心疼，又礙于皇帝的身份，接受徐元帥的問安，心中不忍。幸好徐錚在一邊轉移話題，三人才開始放下君臣繁文縟節，討論戰事，懷疑軍中有內奸。蕭錦昀在宮中幫著蕭錦明監國，蕭錦明做慣了逍遙王，壓根不想幹活，跑到花園偷懶玩耍，蕭錦昀找來，蕭錦明就撲到哥哥懷裡撒嬌。這一幕落在貴妃眼中，成了皇后和王爺有姦情的確鑿證據。

三皇叔突然出現在內宮，太后和蕭錦昀只好收起彼此之間的矛盾，一致對外。三皇叔追問太后為何準備毒酒，太后和蕭錦昀竭力掩飾，誰料蕭錦明突然跑來，將太后和蕭錦昀的謊話揭穿。三皇叔要太后秉公懲治皇后，正在緊要關頭，國師出現，將毒酒和皇后被罰跪都解釋成為了皇帝親征所做祭祀的必須步驟。蕭錦明也跟著幫腔，拉著三皇叔一起祭祀。

徐鈺大軍趕路時偶遇逃難商隊，救下了被商人買做舞姬的韃靼王女忽娜。忽娜懇求徐鈺幫助，恢復韃靼王庭，她願意宣誓效忠大辰。徐鈺決心和忽娜聯手夾擊叛軍。徐錚看到皇帝和忽娜之間的互動，替皇后妹妹生氣，寫家信告狀，還說想要揍一頓皇帝幫皇后出氣。蕭錦明也一直在蕭錦昀耳邊吹風，說是徐鈺跟一群男人在一起已經很危險，要是真再收了一個寵妃，那豈不是要移情別戀？蕭錦昀也開始擔心起來，於是照著蕭錦明的辦法，準備給徐鈺寫情書。

徐鈺展現了百步穿楊的箭術，征服了阿蔔渾，和韃靼結成聯盟。根據兩方協定，徐鈺假意撤軍，還帶著忽娜等人飲酒作樂，迷惑敵人。自家士兵都覺得皇帝被美色迷惑。吉吉果然中計，放鬆了警惕。徐鈺趁機帶兵直搗韃靼皇庭，將吉吉打敗。三皇叔本派人和吉吉勾結，打算暗害徐鈺。沒想到吉吉慘敗，朝中接連收到徐鈺的捷報。三皇叔只能另尋辦法，他指示朝中人蠱惑蕭錦明，要他爭奪皇位。蕭錦明大驚下，拼命對蕭錦昀表忠心，證清白。蕭錦昀要蕭錦明不動聲色，繼續觀察三皇叔等人的陰謀。

徐鈺和忽娜外出獵鹿，兩人策馬奔騰，將護衛等甩在身後。在河邊，有刺客突然出現。徐鈺為保護忽娜險些受傷，忽娜調動自己馴養的鷹協助徐鈺打敗刺客。就在刺客即將招供的時候，徐錚騎馬沖進來，把刺客沖落水中。徐錚知道自己惹禍，但他只是擔心皇帝背叛皇后妹妹。徐鈺哭笑不得。

蕭錦昀收到徐鈺的塞外來信，感慨徐鈺更適合宮外的生活。徐鈺即將班師回朝，三皇叔為了謀取皇位，和鎮北侯密謀，要借太后的手剷除皇后。鎮北侯命人偷偷在太后家宴中給皇后的飲食裡下藥。蕭錦昀感覺到身體不適，太后命太醫診治，發現蕭錦昀身懷有孕。太后震怒，皇帝出征半年，皇后有孕，證實了皇后的姦情。太后要殺皇后，蕭錦昀為自保，只好祭出皇帝口諭。太后又命人送上紅花，要蕭錦昀落胎。蕭錦昀不想傷了徐鈺的身體，抗旨不遵。

為離開冷宮，陶婕妤自然不肯傷害皇帝，於是打落了蕭錦昀手上的茶杯，並同蕭錦昀坦白一切。貴妃為了看皇后的笑話，多次折辱皇后。陶婕妤只好將皇帝皇后身份互換之事告知了貴妃。貴妃想要爭寵詆毀皇后是真的，卻也真心喜歡皇帝，得知真相後一反常態，對蕭錦昀著意奉承，體貼入微，希望改變蕭錦昀對她的看法，卻讓蕭錦昀有些莫名其妙。

徐鈺從冷宮接出了蕭錦昀，兩人互相傾訴相思之情。可很快，蕭錦昀就從韃靼來信中發現了徐鈺和忽娜的互相欣賞，這讓蕭錦昀大吃飛醋。為了處理後宮，徐鈺和蕭錦昀聯手，利用陶婕妤，找出了下藥令蕭錦昀出現假孕脈象的琉璃。琉璃不肯招供，自盡身亡。徐鈺想要直接抓捕三皇叔，但蕭錦昀知道現在缺少證據，只怕打草驚蛇。

國師用徐鈺帶回來的魂綃，找到了陰陽歸元的辦法，不過想要成功，還需要徐鈺和蕭錦昀親密相處。徐鈺和蕭錦昀為免尷尬，一邊用藥一邊進膳，彼此傾述心聲。就在歸元即將成功之時，徐鈺暈厥了。蕭錦昀大驚，喚太醫前來查看。太醫擔心是有人給徐鈺的飲食中下藥。蕭錦昀看著徐鈺，心中湧起從未有過的深情，他回想兩人相處的一幕幕，知道他已經愛上了徐鈺。

(完結篇)緊要關頭，徐鈺終於醒來，火光沖天中，陰陽歸元得以完成，徐鈺發現自己已經回到身體裡。她制服了鎮北侯，然後帶著蕭錦昀逃出火場。蕭錦明和國師這才領悟到“以水相換，以火為引”的終極奧義，可惜是馬後炮。此時朝堂安穩，蕭錦昀和徐鈺一面享受換回身體後的甜蜜生活，一面準備接待來訪的韃靼王忽娜。蕭錦昀發現徐鈺和忽娜在一起飲酒騎馬，其樂無窮。蕭錦昀知道徐鈺生性自由，不想因為自己的關係約束了徐鈺，他帶著傷感，想要放徐鈺一片天地，沒想到徐鈺回應他的是濃烈而深情的一吻。