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憎恨魔女的基德與背著棺材的男人——阿夏夫，為了某個目的正在尋找魔女。他們乘坐火車，來到一個崇拜魔女伊歐涅的城市。兩人得知那天是伊歐涅的「紀念日」，將會在城堡舉行派對。但阿夏夫卻對「紀念日」起疑，開始調查伊歐涅的底細……

基德與阿夏夫過著和平的日子，但基德對一直沒有收到與魔女有關的委託而感到不滿。其後他們收到教團寄來的黑色信封，匆忙前往海丁市。那裡有魔女犯下連續殺人事件，兩人得知事件跟「某個東西」有關。抵達海丁後，基德與阿夏夫出現在海丁市警面前……

魔女惡作劇事件的受害人數不斷增加，魔女突然出現在基德與阿夏夫面前，雙方開始交手。得知自己被魔女跟蹤後，兩人詢問海恩斯是否知道什麼內情。她訴說自身悲傷的過去，並說魔女以與自己親近的人為目標。突然，魔女再次寄來預告信。為了找出魔女的真面目，阿夏夫想了一個對策……

魔響教團首屈一指的死靈魔術師——法諾菈與其助手約翰，經阿夏夫介紹，負責處理「死屍人」失控的案件。聽了當地警察的說明，法諾菈懷疑失控的死屍人是被違法復活的「浪屍」。為了掌握 「浪屍」的數量，一行人移動到廢墟的教會，吸引神智不清的死屍人前來。結果大量死屍人突然湧現......

約翰受傷後，法諾菈和其他人進入宅院與死靈魔術師會面。 看來死靈魔術師過去曾失去過一個心愛之人。 為了讓她復活，他一直在修練死靈魔術，復活大量的屍體，現在他想用法諾菈作為一部分來復活她。 在他那自私行為的觸發下，法諾菈釋放了她的力量，戰鬥開始了…！

區域設定在第三陸，臨近世界聖教會的聖都。正因如此，阿夏夫預計，由於獵魔女專家，聖騎士團的存在，與魔女有關的事件都將會變得更加棘手。在不安的氣氛中，基德和阿夏夫成功潛入城鎮，在那裡他們目睹了一位名叫赫爾加的魔女遭到聖騎士團的襲擊。 當基德對赫爾加的弱點感到困惑時，一場激烈的魔女爭奪戰開始了…！

基德及海爾嘉對峙上了庫嘉。海爾嘉在戰鬥過程中放棄了魔劍、阿什干想要的卻是庫嘉。基德想要奪回魔劍，卻在庫嘉的精靈魔法下，和海爾嘉一起被抓住了。這時候阿夏夫試著接觸庫嘉，尋問他一連串事件的真犯人…

基德帶著魔劍逃離聖騎士團的城堡＜禁城＞，想去找阿夏夫會合。阿夏夫與庫嘉中了處刑人的陷阱，傷痕累累。在基德找到他們後，處刑人與被其禁具洗腦的騎士團出現在基德等人面前，海爾嘉也在其中。阿夏夫與庫嘉奮力抵抗，阻止魔劍被奪走，並囑咐基德帶上海爾嘉逃跑……

從數百年的封印中解放的魔劍亞修剛。它的力量過於強大，周遭一切逐漸被破壞殆盡。為了阻止亞修剛，基德與海爾嘉接觸，回到原本的肉體。庫喜也運用大精靈的力量準備迎戰，但比起魔劍，大精靈竟然更提防基德…… 兩股「毀天滅地之力」正面對決，魔劍亞修剛篇，迎來結局!!

為了安全護送海爾嘉回到教團，阿夏夫帶她進入特別準備的通道——迥廊。另一方面，基德跟鎮上的小孩一起前往疑似有魔女居住的房子。明白只是一場誤會，對方並不是魔女後，基德馬上遭受處刑人襲擊，被對方的魔術帶進了異次元。在處刑人詢問基德有關魔女事件的前因後果時，某個少女突然向他搭話。那人正是與基德結下宿怨的魔女……！！

因為宿敵——魔女安潔拉出現，基德回到藏身處後仍然殺氣騰騰。看到如此模樣，阿夏夫回想起與基德的初次相遇。三年前，為了保護某個村莊中的魔女，阿夏夫來到第五大陸。雖然偶然找到了魔女哈爾貝爾，但阿夏夫被背負棺材的基德突然襲擊。此後，阿夏夫一行人更是被捲入奇怪的事件當中……

阿夏夫以保護魔女為交換條件，告訴基德解除詛咒的方法。 謀劃這次事件的處刑人為了奪取魔女的力量，煽動村民抓住了哈爾貝爾。 此時，基德趕到現場，嘗試救下哈爾貝爾，但因無法發揮原有的力量而被處刑人所傷。 基德雖然身陷絕境，但因與哈爾貝爾接吻而喚醒了原來的肉體……！