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第1話【最後的希望】，2031年，東京地區。從不明生命體「原腸動物」毀滅性的破壞中復甦的人類，到現在還是飽受牠們的威脅。對付原腸動物的最後磐石就是民警，高中生里見蓮太郎是隷屬於天童民間警備公司的其中一個民警，他在某個事件的現場遇到了帶著面具的怪男子──蛭子影胤。他發揮了壓倒性強大的力量，別說是警官們，連蓮太郎都不在他的眼裡，他稱自己是「毀滅世界的人」之後，便失去了蹤影…。

第2話【瘋狂的面具】，蓮太郎接到招喚，和社長木更一同前往防衛省。委託人是東京地區的統治者「聖天子」，委託任務不但要清除感染源原腸動物，還得把被牠吞入體內的箱子拿回來。此時，影胤突然出現，並告訴他們他也會出手奪取那個箱子，也就是會引起東京地區「大滅絕」的「七星的遺產」。

第3話【命運的孩子們】，延珠被別人知道擁有腸原病毒的「受詛之子」，在學校被孤立了。雖然延珠還沉浸在悲傷中，但還是打倒了鎖定的那隻原腸動物。就在他們二人拿到箱子的時候，影胤再度出現了。影胤是「新人類創造計劃」中誕生的機械化士兵，一擊就讓蓮太郎失去力量，蓮太郎想盡辦法要讓延珠先逃走…。

第4話【黑色的子彈】，影胤一口氣將29名民警們反擊回去，蓮太郎和延珠再度和他對峙。影胤釋放出能將一切反彈回去的絕對防御之盾，而蓮太郎則以自己「真正的力量」與他對抗。影胤是為了殺戮而被製造出來的影胤，他為了證明自己的存在意義而渴望鬥爭，兩人產生劇烈的衝突，此時，階段V的腸原動物出現了…。

第5話【紅黑的暗殺者】，聖子天親自委託天童民間警備公司執行任務，任務的內容是擔任她自己的保鏢。蓮太郎雖然意願不大，但仍決定接下這個委託。從聖居回來的路上，蓮太郎幫助了一個被一群無賴圍著的少女，而這個穿著睡衣到處走，身上處處散發著奇妙氛圍的少女緹娜，和他親近了起來。

第6話【諷刺的悲劇】，天童木更因妨礙狙擊手的任務，而遭到刺殺，想殺她的人竟是蓮太郎救下的少女－緹娜。木更在蓮太郎的救助下平安無事，並決定提前幫聖天子更換了座車，但仍是遭受到狙擊，延珠決定單獨前去追擊緹娜，蓮太郎留下保護聖天子。聖天子卻對蓮太郎說，緹娜的IP排行第97，而且是一名強化士兵。

第7話【寂靜月夜,黎明的天空】，延珠在緹娜手中活下來後昏迷了兩天，蓮太郎調查狙擊現場時發現，緹娜同時從四個方向對延珠開槍。在此同時，蓮太郎獨自一人接下保護聖天子的委託，為此蓮太郎請未織幫忙分析緹娜的能力，並讓護衛官散播假消息，引緹娜到別處。蓮太郎與緹娜的決戰，最後到底鹿死誰手？

第8話【境界線的石碑】，巨石碑結界突然受到原腸動物的攻擊。聖天子告訴蓮太郎，階級IV的原腸動物畢宿五，已跑進巨石碑結界，並在石碑裡注入侵蝕液，在六天之後磁場就會消失並倒塌，屆時東京地區就會被原腸動物淹沒。因此請蓮太郎組織"輔助部隊"來與原腸動物作戰，蓮太郎能找到與他併肩作戰的同伴嗎？

第9話【結界的守護人】，蓮太郎帶著延珠在人群中尋找合適的民警組時，卻意外遇到許久沒見的天童流師兄薙澤彰磨，有彰磨的加入，他們終於可以組成隊伍了。而此時，木更也出現在他的面前，對他說她要加入，並且聖天子也解除了緹娜的剝奪排名處分。以他們八人的力量，是否可以達成任務，成功保護東京地方呢？

第10話【東京地區保衛戰】，在巨石碑崩塌之前，蓮太郎等人還是像平常一樣生活。為分散注意力，蓮太郎仍前去幫外圍區的「受詛之子」上課，並帶她們參觀「回歸之炎」，告知回歸之炎的意義。在那同時，因為人們憎恨原腸動物，繼而牽怒「受詛之子」，有人想要攻擊「受詛之子」，最後甚至用炸彈攻擊外圍區...。

第11話【金牛座的心臟，光之槍】，保衛巨石碑的戰爭開始了，里見等人和其他民警輔助部隊一起投入戰場。戰鬥中，里見他們發現有一支原腸動物的分隊可能會對他們形成夾擊，里見帶著他的輔助部隊擅自離開大隊前去檄滅那個分隊，結果卻間接導致我堂團長的兒子死亡，於是我堂團長決定要對里見公報私仇。

第12話【轉捩點】，在蛭子影胤的幫助下，里見蓮太郎成功找到昴宿星團，並且和影胤聯手消滅了牠。但畢宿五也開始遷移，聖天子的火力支援下，仍也無法摧毀擁有不死之身的畢宿五。而當蓮太郎回到營地時卻發現我堂團長已死，根據規定，將由下一個IP排行最高的人接任團長之職，而那人就是…？

第13話【想成為神的人們】，第三次關東會戰即將揭開序幕，重要的電池卻始終沒有送到，但「細劍貫穿計劃」的執行已箭在弦上。蓮太郎將EP炸彈投入畢宿五體內，但炸彈卻沒爆炸？唯一的解決方法，是在畢宿五的體內深處造成直接的衝擊，如此一來必定有人要犧牲，而人類贏得這場戰役的勝算究竟有多少？