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第1話【Third time’s the charm】，造成過去世界崩壞的「人類史上最大最惡的絕望事件」，被稱之為超高校級的絕望的他們，在世界各地同時發動了多起恐怖攻擊…為了與他們進行對抗，而有人設立了「未來機關」。過去的英雄苗木誠被視為反叛者、被叫到受召集而來的未來機關幹部們面前。此時，突然間響起了黑白熊的聲音，「唔噗噗噗。這次我要讓未來機關的各位…展開互相殘殺！」

第2話【Hang the Witch】，背叛者就在未來機關之中！要揪出那名犯人正是他們進行這場遊戲的主題。所有人的手腕都被套上了限制行動的NG關鍵字。一行人雖然想要找出背叛者，但是無法找出襲擊者的真面目，放任時間流逝也只會徒增夥伴的屍體。這場遊戲究竟有沒有過關的方法呢…。

第3話【Cruel violence and hollow words】，就算不互相殘殺，也一定有什麼逃出去的方法，如此深信的苗木向未來機關的幹部們做出了放棄互相殘殺的宣言，並向他們請求協助。然而，對於渡過了「人類史上最大最惡的絕望事件」這條死線的幹部們來說，苗木的話語不過只是些漂亮話。這場不存在規則的互相殘殺遊戲，參加者們各自懷抱的思緒相互交錯，使得事態開始朝向緊迫的方向發展…。

第4話【Who is a liar】，未來機關的希望‧宗方，他抱持著不論造成多大的犧牲，為了將絕望趕盡殺絕，就算犧牲自己的性命也在所不惜的覺悟。在聽到他的信念後，苗木才了解到自己所構築的希望，其實也是建立在犧牲之上的。然而未來機關的會長天願卻看透了宗方的天真之處。天願表示他相信苗木是人類的希望，並且將之後的事情托付給苗木，然後…。

第5話【Dreams of distant days】，希望峰學園第76屆生忌村靜子、安藤流流歌與十六夜，過去感情曾經非常好的這三人，如今卻演變為忌村VS安藤與十六夜，相互指責對方是背叛者的狀況。在這個封閉空間內，這個對立情況變得更加惡化。另一方面，宗方將刀口指向過去曾為忘年之交的天願，對絕望變得更加恨之入骨…。

第6話【No Man id an island】，霧切以偵探的身份持續調查著潛伏於這個遊戲中的背叛者，而朝日奈則扶持著條件相當不利的苗木。苗木即使面對絕望性的狀況也不願放棄，在同伴為他帶來的勇氣下，他再次站了起來，並且決定要靠自己的力量毀掉這場遊戲。在月光原的協助下終於成功與外界取得聯繫，而接通的人正是第78屆生的倖存者之一．十神白夜。

第7話【Ultra Despair Girls】，她為了讓世界墜入絕望而持續進行活動，而且也混入了未來機關的互相殘殺之中。為了阻止最中，苗木的妹妹困與第78屆生的倖存者腐川東子再度展開戰噢。然而實際上最中卻早就已經自甘墮落，表示她不過是出自興趣在觀看未來機關的互相殘殺…。

第8話【Who Killed Cock Robin】，「因為苗木誠的關係，第78屆生會有人死去」，苗木一行人得知了這項不吉的預言。判斷脫離行動的霧切可能會有危險，苗木等人試圖整理現在的狀況，而這時宗方卻再度追了上來。另一方面，霧切發現了脫離這場遊戲的關鍵，然而這個代價實在太過讓人悲傷…

第9話【You are my reason to Die】，霧切雖然掌握了從遊戲中逃出去的關鍵，但是她卻表示要逃離這裡是不可能的。相對的她推測出很有可能就是襲擊者的人物，並且終於和苗木等人會合。然而，掌握到襲擊者線索的人並不是只有霧切。宗方他同樣也掌握了線索，並且與同屆的逆藏十三會合，然而…

第10話【Death,Destruction,Despair】，苗木決定與宗方展開最後的戰鬥。苗木想起了過往的回憶，而他決定不論多麼悲傷都還是得一直向前進。這股堅強正是希望的具現。而宗方也回首過去，為了將一切結束而來到了苗木面前。然後，這兩股希望終於開始激盪火花…。

第11話【All good things】，互相殘殺遊戲結束了。而互相殘殺的襲擊者以及遊戲的真相簡直讓人難以置信。苗木決定把自己當成誘餌以確認襲擊者的真面目。宗方也表示贊同，然而某個出乎意料的人物卻出現在苗木的眼前…。

第12話【It is always darkest】，策劃了這場互相殘殺遊戲的人到底是誰？為什麼要策畫這場遊戲？幕後黑手的真正目的是什麼？苗木等人再次開始思考這些問題。在許多疑問一個接著一個獲得了解答時，有個人站了出來，為了製造出一個絕望性地充滿了希望的世界…。