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第1話【我回來了,希望峰學園】，這裡是集結了擁有超高校級才能的學生的政府公認特權學園「私立希望峰學園」。原為超高校級家政婦的新任教師雪染千紗來到了這裡任教。胸懷大志的雪染踏進了教室，卻發現教室裡頭卻只有索妮亞、小泉、西園寺和九頭龍這四位學生。為了教導這些學生何謂「青春」，雪染開始在校園內四處奔波找尋分散在校內各地的第77屆生！

第2話【對你別有用心】，在雪染千紗異於常人的教導下，班級逐漸步上軌道。然而還是有一位學生無法和班上同學打成一片，那就是超高校級的遊戲玩家七海千秋。即使是在被宣稱是在做「訓練」而進行打鬥的貳大與終里破壞的教室中，她也仍然我行我素地玩遊戲。而這樣的七海也因為某項契機，透過遊戲和班上同學漸漸混熟…。

第3話【向一切的未來道別】，渴望才能的預備學科少年．日向創。他以某項條件作為交換進入到希望峰學園就讀。有一天和自己一樣對本科充滿憧憬的學生．九頭龍菜摘轉到了班上。隨著與七海之間的交流漸深，日向終於注意到有比才能還要更加重要的東西，但是這時，校園內卻發生了悲劇的殺人事件…。

第4話【狛枝凪斗的憂鬱與驚愕與消失】，在學園內發生事件後沒多久，就即將開始本科學生的期中考。考試內容乃是將學生自己的才能展現給教職員們見識的技能考試。然而因為發生事件的關係，心神不寧的第77期生們都無心於考試。

第5話【終末的開端】，被降格為預備學科教師的雪染，為了宗方在這段期間進行預備學科的調查。也掌握到名為「神座計畫」的這個神祕計畫的線索。雪染回到本科時已經進入春天，新的一群充滿希望的高中生第78屆生們也入學就讀了。而超高校級的辣妹江之島盾子與超高校級的軍人戰刃骸，這兩個「超高校級的絕望」也踏進了希望峰學園的校門。

第6話【絕望性的命運相遇】，希望峰學園長年間都在進行某項研究，那就是化為人類希望的真正天才「超高校級的希望」的研究養成的計畫。其名為「神座出流計畫」。成為試驗者的日向創終於以神座出流的身份甦醒了。雪染得知了實驗的存在，而江之島更是得知了神座的存在，並且深信這就是她與他的命運…

第7話【希望峰學園史上最大最惡的事件】，繼神座出流之後，江之島與另一個人發生了命運般的相遇。那個人就是超高校級的動畫師．御手洗亮太。江之島得知了御手洗的才能，想出了將學園染上絕望的計畫。持續進行著準備的江之島、以及希望峰學園學生會成員之間的互相殘殺，「希望峰學園史上最大最惡的事件」開始了。

第8話【偶然性的最糟的重逢】，因為「希望峰學園史上最大最惡的事件」與預備學科生發起的「遊行」，使得希望風學園陷入一片混亂。另外，七海的班上更是發生了罪木離奇失蹤的事件。因為班上同學陷入危機而坐立難安的一行人，不顧自身危險開始展開搜索。這時，與御手洗命運般相逢的江之島，向御手洗說明了自己計畫的全貌…

第9話【雪染千紗不會笑】，七海與成為神座的日向再次相會，卻被江之島逼上絕路。在這個時候，為了保護學生，雪染代替七海遭到將之島的拘束。向班上同學告知了雪染的危機的七海，帶著全班出發準備救出雪染…。

第10話【你向名為希望的絕望微笑】，與班上同學走散的七海與雪染會合，一起往第77屆生們的所在地前進。而其他的學生們也在罪木的誘導下，抵達了推測雪染所在的地點。然而等待著他們的，卻是慘不忍睹的絕望結局，而江之島的計畫也迎向最高潮。

第11話【再見了，希望峰學園】，希望峰學園第77屆生們在雪染贈送給他們的話語下，懷抱著各自的理想離開了學校。而第78屆生們在校長霧切仁的指揮下開始進行學園避難所計畫，但他們卻對之中已經混入了超高校級的絕望一事一無所知…。這是人類史上最大最惡的絕望事件以前的故事。以絕望收場的、希望的故事。

第12話【希望學園與絕望高中生】，有一群人來到了未來機關的設施中。他們就是從更生程序中甦醒的希望峰學園第77屆生們。在過去化身為「超高校級的絕望」、使得世界瀕臨毀滅邊緣的他們為什麼會甦醒並且出現在苗木等人的面前呢？他們現在仍舊是「絕望」嗎…為了追求希望而開始的互相殘殺即將落幕。