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在殺意和猜忌環伺的學園，究竟誰能從中畢業？據說能進入學園的人，肯定是菁英中的菁英。據說光是從那裡畢業的學員，人生等於成功了一半。苗木誠是透過抽獎獲得入學的幸運兒，校長在歡迎入學的新生們是這麼致詞的：從現在開始就要請大家這一輩子都要在這裡生活了，如果想從學園畢業，就必須將夥伴們殺死…。

第2話【活下去 (非)日常篇】，正當學生們對於在校長．黑白熊強迫之下展開的互相殘殺生活產生動搖的時候，超高校級的偶像、同時也是苗木國中時代同年級同學的舞園沙耶香來到了苗木的房間。

第3話【活下去 非日常篇】，為了抓到事件的犯人，賭上性命的學級審判終於開始了。被懷疑的，正是苗木誠。他被其他人要求證明自己的清白。這時向拼命地辯解的苗木伸出援手的，竟是那意外的人物。

第4話【週刊少年絕望快報 (非)日常篇】，結束了最初的學級審判，學生們彼此逐漸產生了類似牽絆的情感，然而已經等得不耐煩了的黑白熊再次對他們使出了新招。

第5話【週刊少年絕望快報 非日常篇】，終於出現第二個犧牲者了。被懷疑是犯人的，在世間造成騷動的連續獵奇殺人鬼「滅族者翔」。透過「超高校級的名門子弟」十神白夜的推理，其真實身分終於曝光了，然而他的推理卻有個盲點…。

第6話【新世紀銀河傳說再啟!裝甲勇者佇立於大地! (非)日常篇】，第二次的學級審判結束，殘存的學生還有10人。出現在眾人面前的黑白熊發出了「出現畢業生就送一百億元」的宣言。另一方面，一向活力充沛的朝日奈葵好像有哪裡怪怪的，據說她看見了應該已經死去了的不二咲千尋的幽靈？

第7話【新世紀銀河傳說再啟!裝甲勇者佇立於大地!非日常篇】，被懷疑殺害山田一二三及石丸清多夏兩人的，是所有人中唯一沒有不在場證明的葉隱康比呂。但是他卻聲稱他在前一天晚上被人叫了出去，被人關到藏在鐵櫃裡的正義機器人之中。究竟真正的犯人是誰呢？第三次的學級審判就此開始。

第8話【為了這一切謝罪I】，大神櫻與事件的幕後黑手的內奸！？第三次的學級審判結束沒多久，黑白熊便告知了這項驚人的事實。另一方面，不二咲千尋的電腦留下的分身人格（人工智慧）表示掌握了能成為這次事件的轉機的重要情報？

第9話【為了這一切謝罪II】，幕後黑手派出的內奸大神櫻被發現陳屍在被化為密室的娛樂室的事件的搜查開始了。之前被她給約了出來的十神、腐川及葉隱這三人最有嫌疑。接著第四回的學級審判開始。犯人到底是誰？隨著審判的進行，新的事實接二連三地被發現，事態陷入了混亂之中…。

第10話【疾走青春的絕望垃圾食物 (非)日常篇】，學園的最高樓層終於開放了。在苗木等人眼前的，竟是充滿人類的血與油脂味道的教室。這裡就是「人類史上最大罪惡的絕望事件」的現場嗎？當氣氛籠罩在一片沈悶之中時，眾人再度被黑白熊給叫了出來。黑白熊因為重要的寶物被偷走了而大聲嚷嚷著…。

第11話【疾走青春的絕望垃圾食物 非日常篇】，得知自己的行動全部都是做為現場實境秀、在電視上現場直播的事實，苗木等人難掩驚訝。然而，無視他們的困惑，第六回的學級審判開始了。被害人是到目前為止完全露過臉的第16人的同學．戰刃骸。雖然沒有不在場證明的霧切馬上就被認定有嫌疑，但是…。

第12話【超高校級的不幸招來超高校級的殺人事件及超高校級的處刑和超高校級的絕望的原因】，「互相殘殺學園生活進入『真實的解答篇』!」。隨著黑白熊的宣言，學校內所有的房間全都開放了。為了釐清真相而進行調查著苗木等人面前，出現了驚人事實。化為白骨的校長、毫無印象的過去的影像，以及一張團體照片？

第13話【再見絕望學園】，幕後黑手終於現出原形！？一連串的事件居然是有著「超高校級的絕望」之稱的絕望姐妹所一手策劃？被奪走的記憶究竟是什麼？學園外的現實世界究竟會變成什麼模樣？一切不思議的迷團即將揭曉！