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第1話【天之鬼】，19年前的大戰結束後，地球始終沒有復興，繼承早乙女研究所與蓋特線研究的神隼人為了從神祕的敵人手中保護地球組織了D2部隊。D2在強大敵人面前陷入苦戰，雖然新的蓋特機器人ARC已經做好，但擁有能駕駛它能力的駕駛員只有神威一個人，他們還需要另外兩名駕駛員。另一邊，為了替母親報仇的流拓馬循著線索，與搭檔山岸貘一起前往早乙女研究所。

第2話【運的孩子們】，拓馬在早乙女研究所見到神隼人，隼人要求拓馬和貘跟神威一起駕駛ARC。雖然拓馬還沒有找到關於害死母親的仇人的線索，但命運的齒輪已經開始快速轉動。用拳頭互相理解，拓馬和神威快速建立起友誼，新的蓋特團隊就此誕生。此時，早乙女研究所的上空突然出現時空穿梭的裂縫，敵人的大軍從那裡向他們進攻。儘管D2部隊已經出動，但遲遲沒辦法成功合體的拓馬他們只能在早乙女研究所觀戰。

第3話【ARC出動】，蟲子軍團以壓倒性的數量包圍早乙女研究所。隼人在敷島博士的防禦系統啟動的同時，命令拓馬、神威、貘的蓋特機器跟著出動，讓ARC投入戰場。在敵人與夥伴的炮火猛烈交鋒的戰場上，拓馬、神威、貘出動了。三人如同隼人所想，彷彿在享受艱難的戰況似的，充滿活力與熱情，以超乎想像的行動消滅敵人。在蟲子軍團消失的天空中，一道立體影像穿越時空投影過來，那就是拓馬一直在尋找的殺母仇人麥克唐諾的人像。

第4話【在美麗的夜晚】，睡不著的晚上，拓馬、神威、貘各自從自己的寢室出來，在深夜的研究所裡遊走。隼人在早乙女博士的蓋特線研究過程中憑著本能查出敵人的空間移動系統的線索。在研究所裡走來走去的亡靈們，不祥的黑暗夜晚，敵人的陷阱正在蠢蠢欲動。拓馬、貘、神威彷彿就像被什麼人邀請一樣在舊研究所區域的門前集合。

第5話【天才】，拓馬、神威和貘在看到19年前幻影的同時，現實中也有一隻女王蜂潛入研究所並操控大量的蟲子軍團展開進攻，牠們的目標是藏在研究所深處的蓋特龍。通道全都被昆蟲大軍堵住，拓馬等人好不容易坐上ARC，卻因為防禦系統孔雀被敵人佔領，讓他們一出動就被擊落。拓馬等人憑著天才的毅力重新站起來。

第6話【龍的後代】，從聯軍來訪的橘翔補強了受損嚴重的早乙女研究所的戰力，拓馬、神威、貘接下其他任務前往印度外海。同一時間，聯軍決定對出現在夏威夷外海的敵人巨大轉移通道展開大規模攻擊，但是卻失敗了。散佈在全世界的追蹤者也開始進行時空轉移，派昆蟲大軍襲擊地球。

第7話【蓋特同盟軍】，拓馬、神威、貘抵達的地方是恐龍帝國。過去互相敵對的地表人類與爬蟲人類，在安多羅美達流國的威脅之下攜手合作。在恐龍帝國翰博士的幫助之下，「侏儸之死作戰」的準備工作正在進行中，少了ARC的地表聯軍陷入苦戰。但是，彷彿是為了彌補這個空缺的不明「黑色真蓋特」出現在戰場上掩護聯軍。自從抵達恐龍帝國之後，神威似乎一直在阿諛奉承哥爾3世，拓馬說出了他真正的想法。

第8話【龍的血 人的心】，在「侏儸作戰」開始執行前，ARC小組必須按照恐龍帝國的指揮作戰。儘管有所不滿，但又在意神威真正的想法，拓馬只能服從命令。另一邊橘翔為了確認黑色真蓋特的真面目前往戰場。恐龍帝國為了祈禱「侏儸作戰」成功要舉辦出征儀式。從翰博士那裡得知神威過去的拓馬，擬定一個可以讓神威和母親毫無顧慮，光明正大見面的計劃。

第9話【突圍】，機器陸地受到安多羅美達流國的攻擊，孔明的奈米機器分身潛入內部，擋住拓馬、神威和貘的去路。神隼人決定立刻執行侏儸之死作戰計劃。神威在拓馬和貘的掩護之下，抱著必死的決心趕去搶救ARC。蓋特同盟軍被昆蟲大軍攻擊得體無完膚。翰博士開發的穿越時空裝置索魯德被破壞的話，就沒辦法把ARC傳送到異次元的另一端。眼看索魯德就要被昆蟲大軍摧毀時，黑色真蓋特現身了。

第10話【外星的聖戰】，一望無際的沙漠。穿越時空成功了嗎？帶著直升機部隊的巴武藏出現在ARC面前，搞清狀況的同時昆蟲大軍現身了。拓馬他們理解到自己被送到「外星的聖戰」的戰場上。拓馬等人對冷血的武藏行動感到難以掩飾的困惑。被武藏請到母艦上的拓馬他們得知蓋特進化所帶來的恐怖宇宙歷史。為了逼出安多羅美達流國潛伏的部隊，武藏開始進行隨機砲擊。擺脫猶豫，拓馬他們坐上ARC。

第11話【宿願】，從達維安行星逃離的安多羅美達流國宇宙船上載著拓馬的殺母仇人馬克多納魯多。對百鬼帝國的殘黨馬克多納魯多來說「蓋特」是布萊大帝的仇人，而對安多羅美達流國來說「蓋特」是蹂躪宇宙的罪魁禍首，一定要消滅才行！所有人寄託著各自的回憶，展開最後的正面對決。為了打開宇宙船的艙門隻身潛入的神威遇上馬克多納魯多，對方提出意想不到的請求。

第12話【重疊的時刻】，與安多羅美達流國戰鬥的過程中，神威迷失在宇宙空間。另一邊，為了逃離敵人的自爆，駕駛ARC穿越到不明地點的拓馬和貘，漂浮在不可思議的空間。神威、貘、拓馬...。三人看見同樣的未來，卻因為過去的背景走上不同的道路。安多羅美達流國的攻擊停止後，神隼人在被關閉的早乙女研究所等待他們的歸來。即使打倒共同的敵人，雙方也無法互相接納，隼人已經預料到會有新的衝突發生。

第13話【永無止盡的戰鬥】，回到地球的神威暗中操控哥爾3世掌控恐龍帝國。出現在世界上的機器大陸漸漸把地球改造成適合爬蟲人類居住的環境。神威為了壓制在地底沉睡的蓋特龍，襲擊隼人在其中守候的早乙女研究所。後來回到地球的拓馬得知現況後，去追擊神威駕駛的終極武器巴格。同樣渴望和平的兩個人，在陰錯陽差之下被迫彼此互相對抗。在不可避免的戰鬥前方等待他們的結局是...。