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第1話【暗殺的一課】，一名自稱炸掉月球約七成面積的章魚型超生物，表示明年三月也會炸掉地球，各國政府因此極力要追殺他，卻對時速達二十馬赫的他束手無策。就在此時，他表示願意擔任椚丘中學三年E班的導師，政府於是決定以一百億圓酬勞，讓學生們暗殺他……！？

第2話【棒球的一課】，三年E班的學生杉野，想用他的特技棒球來暗殺班導卻失敗，為此非常沮喪，讓渚很擔心，而殺老師本人只是悠哉的表示要飛去紐約看運動比賽。回來後的殺老師，被渚撞見似乎在找杉野的麻煩，但其實老師是要給杉野建議…。

第3話【業課】，結束停學處分的赤羽業，被送回3年E班，而且一回來就成功傷了殺老師的觸手，成為全班第一個，這不但讓渚燃起心中的希望，認為業或許真能殺得了老師，同時也似乎讓殺老師嚇到了。業是否真能成為大家的榜樣…。

第4話【大人課】，為儘早解決殺老師，政府派來一名實力堅強的職業女殺手，假裝是新來的外語老師。這名職業女殺手非常相信自己的手腕，雖然準備了許多方法要來對付殺老師，沒想到才使出第一招的美人計，似乎就奏效了…。

第5話【大人課】，奧田做了毒藥要給殺老師吃，卻因為太直接而失敗，雖然她擅長化學等理科，卻不擅長國語等文科的表達能力，殺老師決定教她如何製毒來暗殺自己。另一方面，又到了一年一度的全校集會日，殺老師因為不能曝光而獨守舊校舍…。

第6話【考試課】，椚丘學園理事長淺野學峯是個手腕高超的經營者，他自有一套理論，利用放牛班E班來激勵其他學生努力用功。而這個策略果然奏效，讓學校創立才短短十年就成為全國之名的明星學校，這種犧牲E班的做法讓殺老師很不滿…。

第7話【校外教學第一堂課】，期待已久的校外教學終於來了！E班學生們打算在旅遊地暗殺老師，還事先尋找容易暗殺的地點路線。但是沒想到茅野和神崎中途被一群混混高中生綁走，一群人能否從殺老師熬夜做出來的手冊裡，成功找到對策救出二人…？

第8話【校外教學第二堂課】，校外教學即將結束，學生們藉助職業殺手要暗殺老師，儘管多數職業殺手在評估過可能性後都婉拒，只有一位高強的狙擊手接下任務，並在學生們特地選定的地點裡，配合學生們的暗號要狙擊殺老師，究竟這次任務能否成功…？

第9話【轉學生課】，結束開心的校外教學後，一切又要恢復正常。就在此時，班上來了一位轉學生，明顯就是政府派來的殺手，而且沒想到居然是一台機器，而且是能夠自我進化的智慧型機器，一整天下來盡責的持續攻擊殺老師，卻引起同學們的反彈…。

第10話【LR課】，這一天突然出現一名神秘男子，還設下鋼絲陷阱捕捉碧琪老師，原來是她的師父—殺手「羅夫洛」。師夫在觀察後認為她殺不了「殺老師」，於是要她退出任務由自己出面解決，但殺老師卻提議讓師徒兩人比賽暗殺，以證明誰才是優秀的殺手…。

第11話【轉學生課第二堂】，由於第一名轉學生暗殺失敗，政府決定投入第二名轉學生糸菜，據說他更厲害了，還自稱是殺老師的「兄弟」，儘管糸菜外表明明是個人類…。轉學當天，糸菜就要殺老師放學後留在教室與他比高下，輸的人得被處死。這個糸菜究竟是什麼來歷……？

第12話【球技大賽課】，椚丘中學要舉辦班級球技對抗大賽，但E班被以會多出一隊為由，沒被排進賽程，取而代之的是分別和棒球社及女子籃球社進行一場表演賽。說穿了，就是得在全校師生面前出洋相，但杉野向殺老師表示，真的很想打贏棒球社啊…。

第13話【才能課】，又來了一個新教官鷹岡，是烏間老師的同袍，他以父親之姿和學生們相處，很快就和E班打成了一片，只是他的訓練方式太嚴苛，讓學生們終於受不了而開始抱怨。沒想到此時他竟露出了真面目，還要求烏間選一個學生出來和他用真刀對決……。

第14話【願景課】，酷熱的夏天，殺老師帶全班到他親手在森林裡打造的天然泳池玩水，唯獨寺坂和大家格格不入，白先生看準這一點，唆使寺坂當內線，準備在泳池裡暗殺老師，沒想到竟將全班捲入，眼看同學們正步步走向死亡危機……。

第15話【期末考課】，為鼓勵大家在期末考取得好成績，殺老師宣布不論哪一科，只要有誰能考到第一名，就有權利破壞他的一隻觸手。此言一出，果然激發出大家的讀書意願，沒想到由淺野學秀帶領的A班五英傑突然出面阻擋，還要求和E班下賭注……。

第16話【結業課第1學期】，終於到了期末考當天！為期兩天的考試期間，A班與E班展開激烈的競爭，而雙方努力的成果也直接呈現在成績上，但沒想到結果竟然是跌破眾人眼鏡，更讓某些人看到殘酷的事實。究竟這場爭奪戰會有什麼不可思議的結局……。

第17話【小島課】，暑假到了，大家決定照計畫到南國小島度假時殺掉殺老師，但岡島打算去之前就先完成任務，因此利用撿來的A書誘惑殺老師，並要碰巧為採集昆蟲前來的同學幫忙，儘管同學覺得這種方法很低級，但他直言”色情能拯救世界”……。

第18話【行動課】，所有條件全到齊了，在謹慎擬定的作戰計畫下，E班對殺老師發動空前大規模的暗殺行動，但最後仍被殺老師逃了…。所有的人只好疲憊的回飯店，沒多久卻一個個倒下，接著烏間立刻接到不明電話，表示全員已被人工病毒感染……！？

第19話【伏魔課】，在殺老師的暗殺計畫以失敗告終後沒多久，突然出現了新敵人，班上同學紛紛中毒，犯人表明必須在二十四小時內拿殺老師來交換解藥，全班商量後的結果，決定奇襲敵人巢穴搶奪解藥。究竟一行人能否在期限內達成任務…？

第20話【業課，第二堂】，潛入飯店的E班學生，不斷遇到刺客擋在前面，先是業與敵人徒手單挑，不料敵人使詐，還好業懂得站在敵人的立場思考，才成功轉敗為勝。後來為潛入VIP樓層，決定由女生進入酒吧去打開後門的鎖，而在這裡則由渚扮成女生應付敵人……。

第21話【XX課】，在音樂廳裡遭遇軍人身分退下來的職業槍手，E班一行人命在旦夕，還好在殺老師的指揮下，終於成功扳倒敵人，也順利來到最頂樓，找到這次事件的幕後黑手，沒想到是出乎大家外料之外的人，而且還鎖定目標在渚身上…。

第22話【渚課】，鷹岡老師在眾人面前炸掉解藥，讓原本跪地向他磕頭謝罪的渚終於忍不住爆發，撿起地上的刀大喊要殺死他，但鷹岡畢竟是高手，正面對決很難有勝算的可能，所有人都非常焦急，甚至要求烏間老師快開槍射鷹岡，卻被寺坂阻止了…。