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第1話【夏日祭典課 by前原陽斗】，暑假強化集訓的暗殺之旅來到最後一天，殺老師提議舉辦試膽活動，其實是想進行湊成班對的下流計畫，但遲遲不見成效，反倒讓Bitch老師喜歡烏間老師一事曝光，全班於是決定協助Bitch老師告白，不過對象是死板的烏間老師，計畫是否真能成功…？

第2話【楓課】，平常總是默默在背後協助暗殺任務的茅野，主動擬定並主導「布丁爆殺計劃」，可惜最後仍以失敗告終。另一方面，烏間老師的訓練越來越嚴苛，甚至利用後山進行「暗殺版官兵抓小偷」，同一時間，市區發生了令人震驚的"胸罩賊"……？！

第3話【堀部糸成課】，白又帶著糸成前來襲擊殺老師，兩人激烈碰撞與糾纏的結果，被發現白只是將糸成當成隨手可丟的棋子，令E班全員憤慨，決定協助斬斷讓糸成"執著"的原因。面對寺坂等人的勸說，內心充滿糾葛的糸成將採取什麼行動…？

第4話【編織課】，糸成正式加入E班，在他利用特有才能製作的「遙控戰車作戰」下，好色的男生們居然團結一致，秘密對女生們展開綿密計劃。殺老師後來發現木村很在意父母為他取的名字，決定要大家用代號彼此稱呼對方一整天…。

第5話【領導者課】，E班的帥哥學級委員長磯貝悠馬，為幫助家計冒著違反校規的風險去打工，卻被A班五英傑發現，淺野因此開出條件，表示若不想被學校知道此事，就得在體育祭上贏過A班。兩名特質截然不同的領導者即將展開對決，結果將會如何……？

第6話【改造前後課】，再過兩星期就要期中考，這一天卻因為E班學生們對自己的暗殺技術過度自信，造成育幼園的園長老師受重傷。為導正將能力用錯地方的學生們，殺老師宣布禁止大家K書，還必須去育幼園當志工，沒想到他們面對的是一群問題兒童…。

第7話【死神課前篇】，E班學生們策畫讓烏間老師送伊莉娜老師玫瑰花束，當作生日禮物，卻被伊莉娜老師發現，之後就不曾來學校，讓E班學生很擔心，此時卻突然出現自稱是"死神"的殺手，還告知大家他綁架了伊莉娜老師，想救她就得乖乖聽從指示…。

第8話【死神課後篇】，面對"死神"完全束手無策的E班學生，雖然殺老師和烏間老師在千鈞一髮之際趕來，卻被倒戈的伊莉娜老師陷害，導致殺老師掉落陷阱，和E班學生被關在同一牢籠裡，而烏間老師也面臨危機，被迫展開與"死神"對決…。

第9話【第2輪課】，成熟的十一月，離暗殺期限只剩四個月，到了這個時期，學生們得開始為出路煩惱，老師們也會安排和學生面談。在這當中，渚很煩惱自己的未來，還對殺老師表示將來想當殺手，沒想到媽媽突然想主動找老師，希望老師能幫忙渚離開E班…。

第10話【學園祭課】，考驗班級經營手腕的椚丘學園祭登場了，由淺野秀學率領的A班，在贊助者支持下舉辦了各種精彩表演。另一方面的E班，也反過來利用舊校舍的不良地理條件，決定用天然食材一決勝負，究竟結果會如何？最後連歷代的殺手和迷戀「小渚」的裕二也來了…。

第11話【期末考課第二堂課】，學園祭時非常活躍的E班，被淺野理事長視為違反教育方針的問題存在，卻被他兒子淺野學秀視為良好的競爭對手，父子倆的對立越來越白熱化。下一個對戰舞台是期末考，面對一連串超難的考題，學生們將如何應付…！？

第12話【空間課】，E班對決A班的期末考將進入尾聲，但數學科的超難題目讓眾多學生紛紛落馬，直到最後一題，儼然成為業與學秀的單挑戰。在與題目奮戰過程中，業想起自己在E班這一年來的生活經驗，突然有所發現。究竟學年第一名的寶座，會落在誰手上……！？

第13話【活命課】，期末考後，淺野學峯理事長以解雇通知為殺手鐧，單方面來挑戰殺老師，明明是很相似的兩名教育家，究竟他心存何意？改變理事長的過往事件即將揭曉。另一方面，E班決定在話劇會上表演「桃太郎」，而且殺老師將擔任主角！？結果會如何…？

第14話【真實身分課】，話劇發表會結束後，渚和楓在整理倉庫，殺老師也趕來幫忙，三人聊起了以往的暗殺計畫回憶，包含殺老師第一次出現在教室、業回歸學校來時，還有糸成登場與楓主導的布丁爆殺計劃等等，但只見楓的樣子似乎有點不太對勁…。

第15話【告白課】，遭到小楓不斷猛攻的殺老師，決定以自己的要害為陷阱，試圖要學生們幫忙阻止爆走的她，於是渚採取了驚人的行動。之後當全班同學再度聚集後，殺老師終於說出自己的過去，學生們終將明白「殺老師的真實一面」…

第16話【過去課】，原來殺老師原本是被稱為「死神」的厲害殺手，後來被抓去做人體實驗，並在那裡認識了雪村亞久里老師，但因為得知自己最終會死，於是決定逃離實驗室，好好利用已經得到的強大力量，但在雪村老師的犧牲與勸說下，決定來E班當導師……。

第17話【分裂課】，「這個老師非殺不可嗎？」得知殺老師的過去後，學生們面臨重大難題。正因為彼此間建立起深厚的感情羈絆，為不扼殺存在自己內心最重要的心情，導致分別以渚和業為首的兩派人意見分歧，全班陷入分裂危機，就在此時，殺老師提出「暗殺教室特有」的仲裁案……。

第18話【結果課】，因為認真替殺老師著想，才引發意見分歧的一場暗殺倖存戰，終於剩下「不殺派」的渚和「殺死派」的業單挑！雖是長年的朋友卻感覺非常生疏的兩人，為主張自己的意見，決定認真面對彼此。到底誰才能讓對方願意聆聽自己的聲音……？

第19話【太空課】，E班獲得情資，得知解救殺老師的研究正在太空裡秘密進行，因此決定派渚和業代表全班潛入正要被發射到太空的無人火箭裡，到太空站去劫取這份實驗資料。滿心懷抱「想拯救殺老師」的心情，全班展開了季節外的自由研究！

第20話【情人節課】，升學考季節終於來了！渚在殺老師的熱烈加油下進入考場！接著是情人節的到來，看到楓遲遲不敢將巧克力拿給渚，業和中村決定使壞，班上其他同學也各自度過自己的情人節。另一邊的烏間和伊莉娜，似乎也有了動靜！？

第21話【信賴課】，所有人都確定了未來出路，殺老師因此傾全力要製作只屬於E班的畢業紀念冊，但政府卻在此刻啟動最終暗殺，並計畫周詳地利用媒體將殺老師塑造成大壞蛋，E班全員也被監視著。「好想再見到殺老師！」學生們決定採取行動！

第22話【生日課】，離殺老師的暗殺期限只剩三小時，再過不久政府將發動雷射光。為了再見殺老師一面，學生們突破政府監視趕到校舍，並為殺老師慶祝一年前由雪村老師幫他決定的生日，沒想到柳澤與完全變了樣的第二代死神也來了！

第23話【大魔王課】，殺老師VS第二代死神！擁有超越殺老師能力的第二代死神，與自行改造過的柳澤聯手，終於要進入最後對決！面對邊戰邊保護學生的殺老師，充滿憎恨的兩人毫不鬆手，讓殺老師命在旦夕，但千鈞一髮之際，意外人物出面幫忙抵抗……。

第24話【畢業課】：在充滿一整年回憶的舊校舍裡，只留下殺老師、烏間老師、伊莉娜老師與三年E班的學生們。眼看暗殺期限即將到來，大家必須在僅剩的時間裡做出選擇，而E班學生們最後的回答，讓滿身瘡痍的殺老師一臉滿足地點頭……。

第25話【未來課】，「再見了、殺老師，再見了、椚丘中學。」和殺老師共同度過如同珍貴財產的一年，E班學生們終於要從「暗殺教室」畢業，踏出自已未來的一步。那在之後，時光飛逝，一下就過了七年的時間……。